Вмешательство светской власти в духовные дела, которому сопротивлялся владыка, приобрело огласку. Не считаясь с волей церковного руководства, Иван III стал назначать своих угодников на высшие церковные должности. Прошло совсем немного времени с тех пор, как Геронтий посадил чудевского архимандрита Геннадия в ледник. Великий князь решил назначить последнего архиепископом Новгорода. Новгородский владыка был вторым после митрополита иерархом церкви. Посвящение Геннадия в сан состоялось 12 декабря 1484 г., но его выборы имели место раньше. За три дня до поставления Геннадия симоновский архимандрит Нифонт получил сан суздальского епископа. — Игумен Нифонт не перечил государю, превратившему его обитель в место заточения митрополита, и послушание игумена было щедро вознаграждено.
Нифонт происходил из кирилловских старцев и, по-видимому, поддерживал дружбу с Геннадием, который писал единомышленнику письма из Новгорода.
Современники хорошо понимали положение Геронтия, когда подчеркивали, что великий князь вторично, возвел его на митрополию. Глубокой осенью 1484 г. владыка смог наконец вернуться на свой двор в Кремле. «В тот же день, — записал летописец, — по Кузьме Демьянове дни по осеннем (после 1 ноября. — Р.С.) возведе князь велики того же митрополита Геронтия на стол».
Среди святителей одним из самых близких к особе монарха лиц был Паисий. Его карьера поначалу сложилась неудачно, невзирая на покровительство государя. Подчинившись воле Ивана III, Паисий возглавил Троице-Сергиев монастырь, но оставался там недолго.
Прошло столетие с того времени, как Сергий Радонежский основал Троицкий монастырь, положив начало московскому благочестию и духовности. За это время многое переменилось в жизни России и в жизни основанных Сергием и его учениками монастырей. Первый в русской истории опыт общины (коммуны, киновия) потерпел крушение. Попытки воплотить в жизнь принцип равенства, обязательного труда, самоотречения не привели к успеху. Князья и бояре, постригшиеся в Троице и пожертвовавшие села и деньги в монастырь, пользовались в общине такими же привилегиями, как и в миру. Когда Паисий попытался вернуть Троицкой общине (коммуне) ее первоначальный строй и порядок, он лишь навлек на свою голову озлобление знатных постриженников. В 1482 г. дело дошло до того, что Ярославов заявил о сложении сана.
Сообщая о решении Паисия, церковный писатель подчеркнул: «Принуди его князь великий у Троице в Сергееве монастыре игуменом быти, и не може чернцов превратити на Божий путь — на молитву, и на пост, и на воздержание, и хотеша его убити, бяху бо тамо бояре и князи постригшемся не хотяху повинутися, и остави игуменство».
Утратив чин игумена, Паисий сохранил влияние при дворе. Иван III предполагал возвести его на митрополию.
В свое время Дмитрий Донской попытался посадить на митрополичий престол Митяя, нимало не считаясь с волей священного собора. Иван III обладал большей властью, чем Дмитрий, но и ему не удалось навязать церкви своего ставленника.
Паисий уехал из столицы на Белоозеро. Тем временем в Россию вернулся самый выдающийся из его учеников — Нил Сорский.
Нил, в миру Николай Федорович, происходил из московской семьи, близкой к великокняжеской фамилии. Старший брат Нила Андрей Федорович Майкобыл дьяком Ивана III. Подобно брату Николай поступил в приказ как «скорописец, рекше подьячий». Служба сулила почести и богатство, но все это не прельщало юношу. Он отказался от мирской карьеры. Служил Богу, писал инок позднее, «от юности моея». В монашестве Николай принял имя Нил. Прожив в Кирилло-Белозерском монастыре не менее 20 лет, Нил отправился в паломничество в Византию и побывал на Афоне. Первый русский монастырь был основан там при Ярославе Мудром. В XIV в. афонские монастыри стали одним из центров развития религиозной мысли Востока, колебавшейся между схоластикой и мистицизмом. Теоретик мистицизма Григорий Синаит учил, что человек может общаться с Богом посредством веры. Лишь чистой душе, свободной от земных помыслов и страстей, открывается сияние божественной славы. Последователем Синаита был Григорий Палама. Противниками исихастов выступали приверженцы Варлаама Калабрийского, одушевленные рационалистическими идеями. Отвергая силлогизмы как путь познания истины, исихасты утверждали, что разум убивает веру, что человек совершенствуется не через размышление, а через самоуглубление и безмолвие. На Константинопольском соборе 1341 г. афонские монахи предложили следующую формулу: «Достойно Бог дает благотворящую благодать, которая, будучи не создана и всегда существуя в присно-сущном Боге, есть самобытный свет, явленный святым мужам». В XIV в. мистические идеи исихастов получили широкое распространение на Балканах. Русь не была подготовлена к восприятию учения исихастов в момент его возникновения. Но столетие спустя положение переменилось.