Некоторое время здесь жил и работал великий иконописец Дионисий, продолжатель традиций преподобного Андрея Рублева. В Ферапонтовом монастыре кисти Дионисия принадлежат стенные росписи и иконостас собора Рождества Богородицы.
Архитектурный ансамбль Ферапонтова монастыря – единственный в России пример монастырского комплекса XVI–XVII веков, полностью сохранившегося до наших дней. В 1798 году указом Синода Ферапонтов монастырь был упразднен, его храмы стали приходскими. В 1904 году обитель была возрождена как женская, но в 1924 году ее закрыли большевики, придав ей статус музея. В настоящее время в монастыре располагается Музей фресок Дионисия (филиал Кирилло-Белозерского музея-заповедника). Возрождению монашеской жизни в Ферапонтовом монастыре противится Министерство культуры РФ (считается, что это поставит под угрозу сохранность древних фресок).Еще трое птенцов «Сергиева гнезда» – преподобные Сергий, Павел и Сильвестр избрали местом своего подвига леса Вологодчины.