Калмыки приняли ламаизм в XVI в. Как отголосок борьбы с шаманством дошел до нас закон, принятый калмыцкими феодалами в 1640 г.: „Кто пригласит к себе шамана или шаманку, то с пригласившего человека взять его лошадь и с прибывшей шаманки взять ее лошадь; буде кто увидит и не возьмет (по лошади у них), то и с того взять лошадь”. К бурятам ламаизм стал проникать из Монголии в XVII в. Ламаистское духовенство с помощью властей разрушало древние капища, устраивало гонения на шаманов. „Бедные шаманисты всюду были преследуемы. Ни леса, ни горы не укрывали их от мести лам, целыми стадами рыскавших по всему Забайкалью и даже в окрестностях Иркутска”.
Борьбу с шаманством вела и православная церковь, с XVII–XVIII вв. начавшая активно внедрять христианство в жизнь коренных народов европейского Севера и Сибири. Лишь к концу XIX в. в миссионерской деятельности наступил перелом — получила признание мысль, что надо добиваться сознательного усвоения христианской веры „инородцами”. Но в самом начале в способах не стеснялись. Было и насильственное крещение, и разрушение почитаемых мест, и прямое преследование тех, кто сохранял свою прежнюю религию, — в первую очередь шаманов. Одной из причин восстания ненцев и хантов в 1841 г. было недовольство насильственной христианизацией.
Натиск миссионеров, равно как и разрушение традиционного быта, нанесли тяжелый удар по древнему культу. Наблюдатели прошлого века говорят о повсеместном упадке шаманства. Само коренное население было убеждено, что сила шаманов убывает и они не могут делать того, что делали прежние шаманы. Однако шаманство, тесно связанное с привычными верованиями и всем бытовым укладом, продолжало жить. Шаманы „инородцев” порой пользовались популярностью и у русских. Известны случаи, когда за помощью к шаманам обращались даже священники.
При этом шаманство не могло избежать влияния мировых религий. Чем прочнее утверждались новые религии в жизни народа, тем сильнее было это влияние.
В Средней Азии и Казахстане шаманство приняло мусульманский облик. Противоречия между муллами и шаманами оставались, но это была уже профессиональная конкуренция, а не столкновение разных идеологий. Своим мировоззрением шаманы не отличались от прочих правоверных мусульман. Шаманы, начиная обряд, обращались сначала к Аллаху, к различным мусульманским святым и лишь потом — к своим духам-помощникам, которые считались разновидностью джиннов, столько раз упомянутых в священной книге ислама — Коране.
Узбекские шаманы начинали камлание пением таких фраз:
Бисмилла — это сокращенная мусульманская формула „бисмиллахи-р-рахмани-р-рахим” — „во имя Аллаха, милостивого, милосердного”. Ее положено произносить перед началом любого дела. Похожими фразами начинали свое обрядовое песнопение и шаманы других среднеазиатских народов.
Ислам уничтожил шаманский ритуальный костюм. Изменился и смысл камлания. Мусульманский шаман не путешествует в иные миры. Он лишь посылает своих пухов за зловредным демоном, причинившим человеку болезнь. Духи сражаются с демоном, но чаше сообщают шаману, что требуется выкуп, жертва — баран определенного цвета шерсти или, на худой конец, курица. Многие узбекские и таджикские шаманы считали нужным получить благословение от духовного лица. Это благословение было, по сути, посвящением в шаманы. Некоторые шаманы и шаманки отказывались от традиционного бубна, заменяя музыкальный инструмент четками. Сами духи-покровители нередко представлялись в образе мусульманских святых. Одна самаркандская шаманка (начало XX в.) отказывалась гадать в базарные дни, объясняя, что ее дух-покровитель „дедушка-ишан” (ишан — духовное лицо) ушел за покупками.
Шаманство, в свою очередь, оказало влияние на деятельность неофициального мусульманского духовенства. Жители Бухары, например, считали, что некоторые ишаны обладают особой способностью исцелять („отчитывать”) больных, так как у них есть дух-покровитель. В Туркмении некоторые люди, считавшиеся потомками пророка Мухаммеда, приписывали себе обладание целым „войском” джиннов-помощников. С помощью джиннов они прорицали и брались излечивать бесноватых. Их джинны передавались по наследству.