И хотя столичное кинематографическое начальство тоже вначале сомневалось, нужна ли советскому кинематографу вторая экранизация повести, где главный герой, белый офицер, вполне вызывает человеческие симпатии, участник Сталинградской битвы, о которой он правдиво рассказал перед своей кончиной в автобиографической книге «Моя война», смог настоять на своем. И новелла известного беллетриста Бориса Лавренева «Сорок первый», повествующая о вполне реалистическом, а может, и мелодраматическом эпизоде гражданской войны — о любви девушки и синеокого поручика, любви внезапной, сильной и искренней, была запущена в производство. Директор «Мосфильма» Иван Пырьев не только разрешил постановку, но и обещал по окончании благополучной съемки жилье — комнату в новом, строящемся возле студии, доме.
Однако вскоре московской идиллии пришел конец. Григорий Колтунов, подключившийся к работе над сценарием, не только постоянно конфликтовал с Чухраем, но и гнул свою линию, считая, что любовь Марютки к классовому врагу, поручику Говорухе-Отроку, нуждается в осуждении. Чухрай же считал, что гражданская война заслуживает более объемного и честного изображения. Он не собирался делить своих героев на красных и белых, правых и виноватых. Таким образом, сценарий пришлось переделывать раз шесть. И все-таки молодому режиссеру удалось отстоять собственное видение будущего фильма. При этом пришлось поменять и актеров. Вначале на главные роли были выбраны начинающие актеры — Екатерина Савинова и Юрий Яковлев, последнего очень рекомендовал режиссеру Иван Пырьев. Однако ни один из них в картине так и не сыграл: Савинову запретил снимать сам же Пырьев, когда она влепила маститому режиссеру за приставания пощечину, а кандидатуру Яковлева отклонил сам Чухрай.
Среди других претендентов значились и Руфина Нифонтова с Иннокентием Смоктуновским. Однако не подошла и эта пара. В результате на главную мужскую роль поручика был утвержден «красавец эпохи» Олег Стриженов («Овод», «Капитанская дочка», «Белые ночи»), а Марюткой стала недавняя выпускница ВГИКа Изольда Извицкая. Правда, с ее утверждением на роль тоже все оказалось не так гладко — худсовет «Мосфильма» выступил против ее кандидатуры, считая, что грациозной зеленоглазой красавице с превосходной гривой светло-каштановых волос вряд ли удастся сыграть диковатую и резкую Марютку. Однако Чухрай считал иначе. Режиссер был уверен, что роль немного угловатой девушки с ружьем, словно специально написана под утонченную красавицу Извицкую. И отстоял молодую актрису. Пришлось чиновникам от «Мосфильма» согласиться с доводами режиссера. Работа над картиной продвигалась непросто. Нашлось немало противников точки зрения режиссера на войну, на то, как надо ее снимать. Однако, когда фильм вышел на экраны и получил множество призов, в том числе и награду Каннского кинофестиваля, он подтвердил правоту точки зрения режиссера, утверждавшего: «К искусству кино я относился почти религиозно. Я считал, что фильм — это поступок, и стремился снимать так, чтобы не стыдиться своих поступков».
Однако не прошло и нескольких недель со дня начала работы, как съемки остановились. «У меня вышел конфликт со сценаристом Колтуновым, — вспоминал позже Григорий Чухрай. — Сценарий у меня фактически уже был до него, но я решил, что нужна все-таки опытная рука драматурга. И вот Колтунов, воспитанный в правильном духе, сразу понял, какая это скользкая тема — любовь к врагу. Он мне сказал: «Не беспокойтесь, мы выйдем из этого положения». И действительно вышел. Мы писали так: один эпизод — я, другой — он. И вот он придумал эпизод: Марютка сочиняет стихи, и к ней являются души, образы погибших в песках товарищей и спрашивают: «Как же ты могла полюбить нашего врага?» И она отвечает: «Никогда вас не забуду, и любить его я буду». Это был эпизод оправдания. Я запротестовал против этого. Сказал, что не хочу ни перед кем оправдываться, что и Марютка в этом не нуждается — она полюбила! Да, полюбила врага. Ну и что? Полюбила, и все! А мне начали возражать: «Так нельзя. Чему мы учим нашего зрителя?… Собрали на студии худсовет, и я готовился выступать с протестом, но накануне встретил Юткевича, и он мне посоветовал ни в коем случае этого не делать. Я удивился: «Ну, как же я буду снимать эти эпизоды?» — «И не снимайте! Когда поедете на натуру, там вы будете снимать то, что вы захотите. А если сейчас вы затеете спор, когда у вас так много противников, вы рассоритесь с ними, и картину вам не утвердят…» И я воспользовался его советом, а если бы не воспользовался, то погорел бы».