В правление малолетнего Антиоха V Евпатора евреям была пожалована свобода вероисповедания, и Менелай был смещен с поста первосвященника. По условиям перемирия крепость Акра оставалась в руках сирийского гарнизона. Вскоре, однако, военные действия возобновились, но лишь в 141 г. до н. э. силы Шисона Хасмонея вступили в Акру и положили конец чужеземному присутствию в Святом городе. Иерусалим стал столицей Хасмонейского царства. Было восстановлено его значение как религиозного центра евреев Эрец-Исраэля и диаспоры.
В городе стали бурно развиваться ремесла и торговля, возводились монументальные постройки.
В 64 г. до н. э. селевкидская Сирия была присоединена к римскому государству. Вмешательство римлян в дела Иудеи стало лишь вопросом времени. Воспользовавшись войной за престолонаследие, войска римлян под предводительством Помпея в 63 г. до н. э. подошли к Иерусалиму. Приверженцы старшего сына Саломеи Александры, Гиркака II Иоханана, открыли перед Помпеем городские ворота, но на Храмовой горе римляне натолкнулись на ожесточенное сопротивление, которое было сломлено только после трехмесячной осады. Римляне ворвались в Храм, Помпей вошел в святая святых, однако храмовые сокровища оставил в неприкосновенности.
В результате навязанного Помпеем политического урегулирования Иерусалим перестает быть столицей обширного независимого государства и превращается в административный центр римского протектората, занимающего лишь часть территории Хасмонейского царства.
В 40 г. до н. э. Иерусалим с помощью парфян захвачен Антигоном II, сместившим признанного римлянами правителя Гиркана II. Спустя три года Иерусалим осажден и взят Иродом I и его союзниками – римлянами. Взятие города сопровождалось грабежом и резней, и Ироду с трудом удалось спасти город и Храм от полного разрушения римскими легионерами.
Ирод I, который правил в 37—4 гг. до н. э., расширил и укрепил город. Он перестроил старую городскую крепость Бира (по-гречески Барис), назвав ее Антонией в честь своего императора-триумвира – Марка Антония; близ нынешних Яффских ворот построил цитадель, от которой доныне уцелела башня Пцаэль; возвел великолепные дворцы и форумы. Особой роскошью отличался примыкавший к цитадели укрепленный царский дворец, за внешней оградой которого были разбиты сады с мраморными портиками и множеством статуй. Храм был расширен и перестроен, а его высота удвоена. Ирод увеличил земляной подсыпкой площадь верхней части Храмовой горы, для чего возвел вокруг горы подпорную стену из огромных тесаных камней; надземная часть стены со стороны Храмовой площади была оформлена в виде крытых аркад. Южную стену Храмовой горы венчала базиликальная «царская колоннада», от которой вела вниз роскошная лестница.
При этом Ирод оставался жестоким и беспощадным правителем: еврейская традиция говорит, что после перестройки Иродом Храм потерял половину своей святости. Римский историк Плиний Старший свидетельствует, что при Ироде Иерусалим был самой известной и самой блестящей из столиц Востока, однако, несмотря на все успехи Ирода в градостроительстве, евреи продолжали ненавидеть его как проводника римской власти…
Вскоре после смерти Ирода Иудея была превращена в римскую провинцию и за исключением трехлетнего периода царствования Агриппы I (41–44 гг. н. э.) управлялась непосредственно римскими прокураторами, резиденцией которых была Кесария.
Управление Иерусалимом находилось в руках первосвященника и Синедриона. Время от времени, особенно когда город переполнялся богомольцами со всех концов страны и из провинций, прокуратор, сопровождаемый отрядом воинов, прибывал в Иерусалим.
Главная (северная) дорога в Иерусалим шла через Хар ха-Цофим (гора обозрения, на латинском – Скопус), откуда открывался общий вид на город. Миновав долину Кидрон и Гробницы царей (захоронение царей Адиабены), дорога приводила к Женским воротам в Третьей городской стене, за которой располагался пригород Бет-Зейта с Дровяным и Овечьим рынками и несколькими водохранилищами близ Второй стены, тянувшейся ломаной линией от дворца Ирода I (близ нынешних Яффских ворот) до крепости Антонии, которая высилась над северо-западным углом Храмовой горы. Ворота во Второй стене вели в Нижний город. Здесь находились главные городские рынки и густонаселенный квартал, расположенный в северной части долины Тиропион. Через Водяные (Садовые) ворота в Первой городской стене можно было попасть в Верхний город – местожительство аристократии и зажиточных горожан.
Здесь находились дворцы первосвященника и хасмонейской знати, а в северо-западном углу поднимались башни дворца Ирода. Широкий мост над долиной Тиропион соединял Храмовую гору с Верхним городом, а монументальная лестница – с Нижним городом, включавшим в себя густонаселенную южную часть долины Тиропион и бассейн Брехат ха-Шиллоах в юго-восточном углу.