5 апреля 1960 года Кеннеди выиграл у Хэмфри на праймериз в штате Висконсин, первых, где Хемфри участвовал. Джек сумел вложить много средств в рекламу своего образа и победил, получив 55 % голосов. Правда, при этом он потерпел поражение в четырех округах, где преобладали протестанты. Следующие праймериз были в Западной Вирджинии, где протестанты составляли 95 % населения. Хэмфри испытывал острую нехватку средств, но от продолжения борьбы еще не отказывался. Для предвыборной кампании в этом штате штаб Кеннеди привлек 9 тыс. волонтеров. Десятками тысяч экземпляров печатались рекламные брошюры о Кеннеди. Посыпались обвинения в подкупе избирателей. Однако ФБР не нашло никаких доказательств этих обвинений. Кеннеди же решил сделать главным тезисом своей кампании то, что большинство западновирджинских избирателей могли счесть его главным недостатком. На митингах он все время повторял: он не верит, что ему могут отказать в праве быть президентом только потому, что он католик. Кеннеди также заверял избирателей, что в случае избрания президентом его религиозные убеждения никак не будут влиять на его политику. В местной прессе широко тиражировались материалы о Кеннеди как о герое войны. В поддержку Кеннеди выступил и сын президента Франклина Рузвельта Эллиот. Главное же, что помогло Кеннеди победить, были значительные финансовые вливания в его кампанию. Хэмфри потратил в Западной Вирджинии всего 25 тыс. долларов, тогда как Кеннеди на одну только телевизионную рекламу – 34 тыс. Если в начале кампании Хэмфри, согласно социологическим опросам, имел значительное преимущество, то ко дню голосования 10 мая шансы соперников сравнялись. В итоге Кеннеди победил со значительным преимуществом. Это была очень важная победа. Ведь в Западной Вирджинии многие избиратели-протестанты спрашивали, не будет ли католик Кеннеди более лоялен к папе римскому, чем к своей стране. После этой победы из гонки выбыли Хэмфри и Саймингтон. Основным соперником Кеннеди остался Линдон Джонсон. Штаб Джонсона развернул кампанию против Кеннеди, подчеркивая, что он слишком молод и неопытен, чтобы возглавить страну. Как раз весной и летом 1960 года разворачивался скандал с американским разведывательным самолетом У-2, сбитым советской ракетой 1 мая в районе Свердловска. Летчик Фрэнсис Гэри Пауэрс выжил и предстал перед судом, где дал признательные показания. Кеннеди публично осудил разведывательную миссию У-2 и предложил Эйзенхауэру извиниться перед русскими, а Джонсон осудил своего соперника за такое заявление, как проявление слабости перед лицом главного геополитического противника Америки. К лету 1960 года Кеннеди определенно стал самым перспективным кандидатом из числа демократов. К тому времени он побывал во всех американских штатах, и во многих из них заручился поддержкой делегатов на партийном съезде. Его готовы были поддержать 550 делегатов республиканского конвента, и в этом отношении Кеннеди далеко обошел всех своих сторонников. Столь же безоговорочно он лидировал и в расходах на предвыборную кампанию. Хемфри, Джонсон и Стивенсон потратили по 250 тыс. долларов, Саймингтон – 350 тыс., а Кеннеди – 1 млн долларов. Он мог позволить себе такие траты. К тому времени состояние Джозефа Кеннеди-старшего составляло по разным оценкам, от 400 до 600 млн долларов, вложенных главным образом в недвижимость. За вторую половину 50-х годов оно значительно выросло благодаря росту цен на недвижимость. Личный капитал самого Джона Кеннеди был значительно меньше – 11 млн долларов. После вступления на пост президента он перевел его в низкодоходные государственные бумаги, чтобы не создавать конфликта интересов между его деятельностью как главы государства и его бизнес-интересами. Но и эти низкодоходные ценные бумаги приносили Джеку годовой доход в 200 тыс. долларов – почти столько же, сколько он получал в качестве президента США.
В ходе предвыборной кампании Кеннеди активно критиковал политику Эйзенхауэра и выдвинул концепцию «новых рубежей» как во внешней, так и во внутренней политике.