В начале 1940 г ода фирма Юнкерс начала подготовку к выпуску новой модификации бомбардировщика Ju 88А-5. На этот самолет предполагали поставить двигатели Юнкерс Jumo 211F или 211.1 мощностью 1029 кВт/1400 л.с. Поскольку эти двигатели еще не были доведены, то RLM заказал Юнкерсу серию переходных самолетов Ju 88А-5. Прототипом этой серии был Ju 88V14 (D-APSF).
Фюзеляж Ju 88А-5 не отличался от фюзеляжа Ju 88A-I. зато крылья были взяты от Ju 88А-4. Вместо элеронов обтянутых тканью использовали металлические элероны. Было усиленно шасси. Самолеты Ju 88А-5 первых выпусков были вооружены единственным пулеметом, MG-15 калибра 7.92 мм установленным в верхней установке. Под крыльями Ju 88А-5 можно было установить дополнительный бомобдержатель ЕТС 250. позволявший подвешивать 250-кг бомбы. Самолеты были оборудованы идентификационным радиоустройством (IFF) FuG 25а Erstling радиусом действия 100 км. Изменился тип антенны и антенной мачты. Первые Ju 88А-5 (переделанные из поврежденных Ju 88A-I) были направлены в бомбардировочные части (главным образом KG 30) Люфтваффе в конце июля – начале июня 1940 года. По сравнению с Ju 88A-I, Ju 88А- 5 характеризовался лучшими летными качествами и был более маневренен. Постепенно Ju 88А-5 вытесняли прежнюю модификацию, кроме новых самолетов, переделке подвергались и старые Ju 88А-1.
В ходе серийного выпуска в конструкцию А-5 внесли много изменений. Вместо двигателей Jumo 211В, использованных на Ju 88A-I и первых Ju 88А-5, стали использовать новые Jumo 211G-1 или Jumo 211Н-1 мощностью 884 кВт/1200 л.с. Задняя пулеметная установка оснащалась двумя пулеметами MG 15 на лафетах Linselafette ZI0D. Кормовая верхняя установка была защищена броней. На самолетах Ju 88А-5 поздних выпусков использовали два типа установок Z10D с овальными и прямоугольными смотровыми отверстиями. На самолетах первых выпусков нижняя пулеметная установка была такой же. что и на А-1. позже ввели установку Bola (сокращение от Bodenlafette – нижняя пулеметная установка.) 39С или 39D VE с одним пулеметом MG 15. а несколько последних самолетов этой модификации оснащалось установкой Bola 81 со спаренным пулеметом Маузер MG 81Z калибра 7.92 мм. Установки Bola 39С и 39D VE отличались друг от друга способом крепления пулемета. Стоит добавить, что Bola 39D VE была приспособлена не только для MG 15, но и для MG 811 (MG 81Z) или MG 131. В полевых условиях на самолетах использовали и другие схемы вооружения.
Junkers 88А-4
Самой многочисленной модификацией самолета Ju 88А была Ju 88А-4. Прототипом Ju 88А-4 был самолет Ju 88V21 (D- АСВО, в последствии ND+BM), впервые поднявшийся в небо 1 ноября 1940 года. После внесения в конструкцию необходимых изменений были направлены в серию двигатели Юнкерс Jumo 211F и 211J. На базе самолета Ju 88А-5 появилась новая модификация – Ju 88А-4. На первых самолетах Ju 88А-4 устанавливали моторы Jumo 21IF мощностью 1029 кВт/1400 л.с., которые в дальнейшем заменили Jumo 211.1-1 той же мощности. Jumo 211F отличался от предыдущих двигателей усиленным коленвалом и системой охлаждения, работающей под давлением. Дополнительный радиатор располагался за двигателем в нижней части мотогондолы.