.Junkers 88A-9, A-10, A-11
Самолеты Ju 88А использовались на Североафриканском театре военных действий и в Средиземноморском бассейне. Машины, предназначенные для эксплуатации в тропических и субтропических условиях оснащали специальным оборудованием, состоящего из воздушных фильтров на воздухозаборниках, солнцезащитных шторок в кабине и средств выживания в пустыне. Переделанные серийные Ju 88A-I, А-4 и А-5 получали индекс Тгор. Если же самолет был изначально выпущен в тропической модификации. то ему присваивалось новое обозначение. При этом А-I становился Ju 88А-9, А-4 – Ju 88A-11. а А-5 – Ju 88А-10.
Junkers 88 А-12
Ju 88А-12 – это учебно-тренировочная версия Ju 88А-4, на которой устанавливали двойное управление. Ju 88А-12 выпускали без гондолы стрелка и аэродинамических тормозов, кроме того, на эти самолеты не устанавливали вооружения. Переделку серийных Ju 88А- 4 в Ju 88А-12 осуществляли на фирме ATG в Мерзенбурге (148 самолетов).
Junkers 88А-13
Модификация Ju 88А-13 задумывалась как штурмовик, в обязанности которого входила бы поддержка пехоты на поле боя.
Начиная с января 1942 года было переделано несколько серийных Ju 88А-4. Самолеты Ju 88А-13 получали дополнительное бронирование кабины, бензобаков и нижней поверхности мотогондол. Воздушные тормоза с таких самолетов снимали. На внутренних бомбодержателях можно было подвесить контейнеры AB 250. AB 500 или AB 1000 (цифра в наименовании означает массу бомб, находящихся в контейнере), заполненных маленькими бомбами SD 2 массой по 2 кг каждая. В бомбоотсеке предусматривалась подвеска для классических фугасных, зажигательных и осколочных бомб.
На бомбодержателях ЕТС 250 устанавливали контейнеры (так называемые Waffenbehaelter) с скорострельными пулеметами, предназначенными для поражения наземных целей. Использовали два типа контейнеров: WB-81A, в которых размещались три спаренные пулемета MG 81Z, или WB-8IB с идентичным вооружением, но пулеметы фиксировались под углом 15 гр к горизонту.
Ju 88А-13 в небольшом количестве использовался на Восточном фронте в 1942- 1944 годах.