Первым был переделан в истребитель самолет Ju 88V7 (D-ARNC, GU+AE), который получил вооружение, состоявшее из неподвижно закрепленных в правой части носа трех пулеметов MG 17 и пушки MG FF. Стрельба велась через отверстия в остеклении лобовой части кабины. В корпусе проделали три вентиляционных отверстия, предназначенных для отвода пороховых газов, Бомбодержатели и прицел были сняты, отверстие для прицела заделано, а носовой части стрелковой гондолы придали полный профиль. Облегчение конструкции несущих плоскостей позволило увеличить скорость самолета по сравнению с Ju 88А-1 на 25 км/ч.
В начале 1940 года облетали два следующих прототипа: Ju 88V15 (Ju 88Z-15, DD-1A) и Ju 88V19 (Ju 88Z-19). У обоих самолетов вместо «глаза жука» был обычный цельнометаллический нос. Металлический щиток также закрывал и переднюю часть подфюзеляжной гондолы. Внизу находился эжектор стреляных гильз. В июне 1940 года Ju 88VI9 (Ju 88Z-I9) оснастили дополнительной пушкой MG 151/15 калибра 15 мм. Самолеты Ju 88VI5 и Ju 88V19 кроме того были вооружены пулеметами MG 15, установленными в нижней и задней установках. Один MG 15 разместили в лобовом окне кабины пилота. Для наведения на цель пулеметов, установленных в корпусе использовали зеркальный прицел Revi.
Junkers 88С-1
Версия С-1 так и осталась нереализованным проектом тяжелого истребителя, созданного на базе Ju 88A-I путем простой переделки. Поэтому на самолетах Ju 88С-1, как и на Ju 88V7 должен был сохраниться «глаз жука». На самолеты этой модификации планировали ставить моторы Jumo 211 или радиальные BMW 801МА. Двигатели Jumo устанавливали и на следующую модификацию тяжелого истребителя – Ju 88С-2.
Junkers 88С-2
Самолеты Ju 88С-2 были первыми истребителями на базе Ju 88, которых использовали в бою. Как и прототипы Ju 88V15 и V19 машины Ju 88С-2 вместо «глаза жука» получили цельнометаллическую носовую часть. На некоторых машинах по бокам корпуса ниже кабины пилота делали небольшие оконца. От носовой части кабину пилота отделял 11-мм бронещиток, который защищал экипаж и обеспечивал крепление пушек и пулеметов. В носовой части самолета размещали гри пулемета MG 17 калибра 7.92 мм и пушку MG FF калибра 20 мм или MG 151/15 калибра 15 мм. Вооружение было закреплено неподвижно под углом -5 гр к горизонту. Боезапас к пулеметам составлял 800 выстрелов на ствол, к MG FF – 90 выстрелов, а к MG 151/15 – 350 выстрелов. На самолеты С-2 ставили двигатели Jumo 211В или 211G. В полевых условиях систему выхлопа двигателей часто оборудовали пламегасителями. Ju 88С-2 мог брать в передний бомбоотсек до 500 кг бомб, а в заднем бомбоотсеке разместили дополнительный топливный бак емкостью 1600 литров.
Тяжелые истребителями Ju 88Ст2 в мае 1940 года поступили в дивизион истребителей KG 30.
Junkers 88С-3
Это обозначение закрепили за самолетом, который был полностью похож на Ju 88С-1, за исключением двигателей. На самолетах этого типа планировали использовать моторы BMW 80I1A мощностью 1176 кВт/1600 л.с. Данный проект так и остался на бумаге (однако некоторые источники утверждают что было построено 25 машин этой модификации).
Junkers 88С-4