Самолеты Ju 88С-6 использовали прежде всего в качестве ночных истребителей. Первое время на самолетах использовали радар FuG 202 Lichtenstein ВС, затем появился FuG 212 Lichtenstein С-1, а в конце 1942 года самолеты стали оснащать радаром FuG 220 Lichtenstein SN-2. Некоторые самолеты, кроме того, были оборудованы предупреждающим радаром, размещенным в хвостовой части машины. На машины, выпущенные в конце войны, для защиты задней полусферы, устанавливали один MG 131 в задней установке. У ночных истребителей на выхлопные трубы устанавливали пламегасители.
Радар FuG 202 работал на частоте 490 МГц н имел радиус действия до 5 км. Радар FuG 212 при рабочей частоте 91 МГц имел радиус действия 6 км.
Антенны радаров FuG 202. 212 и 220 устанавливали в носовой части корпуса. Антенны радара FuG 227 Flensburg находились в крыльях. Радар FuG 227 предназначался для обнаружения английских авиационных радаров Monica на расстоянии до 65 км.
Любопытной схемой вооружения, примененной на самолетах Ju 88С-6 была установка почти вертикально двух пушек Рейнметалл-Борзиг MG FF или. чаще. Маузер MG 151/20 с боезапасом 500 выстрелов на ствол. Пушки устанавливались под углом 70(-80( к горизонту и позволяли атаковать самолеты противника снизу (по немецки эта установка называлась Schraege Musik (джаз). Одновременно здесь присутствует игра слов, по-немецки «schraege» означает «расположенный наискосок»). Эти пушки находились в бомбовом отсеке. Чтобы огню пушек ничего не мешало, антенну радиостанции FuG 10ZY передвинули влево от продольной оси симметрии фюзеляжа. На некоторые самолеты ставили не две. а только одну пушку.
Junkers 88С-7
В разных источниках, посвященных данному вопросу, встречаются разногласия относительно того, какой самолет носил обозначение Ju 88С-7. Чаще всею говорят, что Ju 88С-7 представлял собой С-6, с которого было снято радиолокационное оборудование, поскольку данную версию использовали в качестве дневного истребителя. Сообщается, что Ju 88С-7 – был самолетом с улучшенной аэродинамикой. Наконец, выдвигалось предположение, что Ju 88С-7 был оснащен, как и Ju 88С-5, подфюзеляжной гондолой, в которой располагались две пушки MG FF калибра 20 мм и пулеметы MG 17.
Было выпущено всего несколько самолетов этой модификации. Известен самолет K9+VH, поднявшийся в воздух в июне 1942 года. На этом самолете стояли радиальные моторы BMW 801D с турбонаддувом GM 1.
Как и в случае с Ju 88С-6, машины типа Ju 88С-7 подразделяют на три класса: С-7а – с двигателями Jumo 221J-1, несущий 500 кг бомб, С-7Ь – с теми же двигателями, но с бомбонагрузкой 1500 кг и С-7с с радиальными двигателями BMW 801 МА.
Junkers 88D