Всего построили три прототипа: Ju 88V23 (D-ARYB. в последствии NK+AO), поднявшийся в небо 19 июня 1940 года, представлял собой бомбардировочную версию самолета, Ju 88V24 (D-ASGQ, в последствии NK-AP) – разведывательную версию, а Ju 88V25 (NK+AK) – версию тяжелого истребителя. Прототип V24 облегали 30 июля, а V25 – 26 сентября 1940 года. Эти три машины должны были стать эталонами трех серий: бомбардировщиков Ju 88В-1. разведчиков Ju 88В-2 и тяжелых истребителей Ju 88В-3.
Вооружение самолетов типа Ju 88В-3 (тяжелых истребителей) состояло из трех неподвижно установленных пулеметов MG 17 и пушки Маузер 151/20, также неподвижно закрепленной в правой передней части фюзеляжа. Ju 88В строили на базе фюзеляжа Ju 88А-1 и крыльев Ju 88А-5.
Во время испытаний обнаружилось, что Ju 88В не намного превосходит Ju 88А, поэтому RLM отказался от выпуска этого самолета. Было заказано только десять машин нуль-серии – Ju 88В-0. Эти самолеты строили на базе фюзеляжа Ju 88А-4, отличие заключалось в том, что хвостовая часть фюзеляжа была удлиненна, чтобы сохранить центровку самолета. Все самолеты планировали использовать в качестве разведчиков, поэтому на них не ставили бомбоприцелы, бомбодержатели и воздушные тормоза. В переднем бомбоотсеке оборудовали дополнительный бензобак, а в заднем установили три фотокамеры типа Robot, предназначенных для плоскостной и перспективной аэрофотосъемки. Две камеры разместили в левой части бомбоотсека, а одну – в правой. Вооружение самолета состояло из трех спаренных пулеметов MG 81Z в передней, задней и нижней установках. Самолеты Ju 88В- 0 использовали в разведывательной группе командования Люфтваффе (Aufklaerungsgruppe des Oberbefehlshabers der Luftwaffe), которая в 1940-1941 годах действуя с аэродромов в Мельце и Кракове-Раковицах производила разведывательные полеты над территорией Советского Союза. Самолеты Ju 88В использовали и в качестве опытных образцов, например Ju 88V27 и Ju 88V32.
Junkers 88С
Самым многочисленным тяжелым истребителем, созданным на базе Ju 88, был самолет Ju 88С.
Основным тяжелым истребителем Люфтваффе был самолет Мессершмитт Bf 110. Опыт польской и французской кампаний показал, что самолет Bf 110 не обладает достаточным радиусом действия. Юнкерс предложил начать выпуск тяжелых истребителей, созданных на базе самолета Ju 88 и оснащенных наступательным вооружением, которое размешалось бы в носовой части фюзеляжа. RLM согласился с постройкой серии прототипов, обозначенных как Ju 88Z (буква Z – это сокращение слова Zerstoerer) в рамках развития конструкции Ju 88.