Некоторые старые большевики выдвигали позднее версию об убийстве, а не самоубийстве Серго. Они отмечали, что накануне трагедии Серго не только работал в наркомате, но и сделал ряд распоряжений и назначил несколько встреч на следующий день. Как отмечал в своих записках Е. П. Фролов, никакого расследования обстоятельств смерти Орджоникидзе не проводилось, даже не было осмотрено пулевое отверстие. Всех врачей, подписавших медицинское заключение, вскоре арестовали. Сразу же после смерти Серго был арестован начальник его личной охраны В. Н. Ефремов, а также личный секретарь Орджоникидзе Семушкин. Были арестованы не только работники охраны, но и почти все люди, обслуживавшие Орджоникидзе, включая сторожа на даче. По утверждению Фролова, большая часть архива Орджоникидзе была изъята и передана на «изучение» Л. Берии, который был личным врагом Орджоникидзе. Позднее были арестованы младшие братья Серго – Константин и Вано и почти все его родственники. По свидетельству бывшего заместителя Серго Б. Л. Ванникова, уже через несколько дней после трагедии его вызвал Ежов и потребовал, чтобы Ванников написал докладную записку о «вредительских» директивах, якобы дававшихся Орджоникидзе. Вся эта цепь событий порождает немало вопросов, но еще не дает оснований оспаривать факт самоубийства Орджоникидзе.
Как свидетельствует жена Серго Зинаида Гавриловна, Орджоникидзе действительно работал вечером 17 февраля в наркомате, а утром следующего дня не поднялся с кровати, не оделся и не вышел к завтраку. Он просил никого не заходить к себе и все время что-то писал. Днем в квартиру Серго пришел его друг Г. Гвахария. Но Серго не принял его, велел лишь накормить его в столовой. Стало темнеть. Решив еще раз зайти в спальню к мужу, Зинаида Гавриловна, проходя через гостиную, зажгла свет. И в этот момент в спальне раздался выстрел. Вбежав туда, она увидела мужа, лежавшего на кровати. Он был уже мертв.
По словам Зинаиды Гавриловны, в квартире, кроме «черного» входа, которым все пользовались, имелся еще и парадный. Но он был не только закрыт, но и заставлен книжными шкафами. Этот ход вел в гостиную, и воспользоваться им для убийства было нельзя, так как в гостиной как раз в момент выстрела находилась жена Орджоникидзе.
Она немедленно позвонила Сталину, квартира которого была напротив. Он пришел не сразу – сначала собрал членов Политбюро. В спальню вбежала и сестра жены. Она увидела на письменном столе листки бумаги, исписанные бисерным почерком Серго. Вера Гавриловна схватила эти листки и зажала в руке, читать она не могла. Когда Сталин вошел в спальню в сопровождении Молотова, Ворошилова и других членов Политбюро, он сразу увидел листки в руке у Веры Гавриловны и вырвал их. Зинаида Гавриловна, рыдая, воскликнула: «Не уберегли Серго ни для меня, ни для партии!» «Молчи, дура», – оборвал ее Сталин.
Заслуживают внимания хранящиеся у автора рукописные воспоминания об этом трагическом дне Константина Орджоникидзе, младшего брата Серго, оставшегося в живых после 16-летнего заключения.
«Я расскажу о некоторых подробностях, связанных со смертью моего дорогого брата Серго. Серго покончил жизнь самоубийством 18 февраля 1937 г. в 17 часов 30 минут.
Как обычно, в этот вечер после катания на коньках в Сокольниках я направился в Кремль к своему брату Серго. У подъезда шофер Серго Н. И. Волков сказал: “Поторопитесь!” Я ничего не понял. Поднявшись на второй этаж, мы с женой направились в столовую, но нас остановил работник НКВД, стоявший у дверей. Потом все же нас впустили в кабинет Серго, я увидел Гвахарию. Он произнес: “Нет больше нашего Серго”.
Я поспешил в спальню, но мне преградили путь и не допустили к покойнику. Я вернулся в кабинет ошеломленный, не понимая, что произошло. Потом пришли Сталин, Молотов и Жданов. Они прошли сначала в столовую. У Жданова на лбу была черная повязка. Вдруг из кабинета Серго увели Гвахарию почему-то через ванную комнату. После этого Сталин, Молотов и Жданов прошли в спальню. Там постояли они у покойника, потом все они вместе вернулись в столовую. До меня донеслись слова, сказанные Зинаидой Гавриловной: “Об этом надо опубликовать в печати”. Сталин ей ответил: “Опубликуем, что умер от разрыва сердца”. “Никто этому не поверит”, – возразила Зинаида Гавриловна. Далее она добавила: “Серго любил правду, и нужно опубликовать правду”. “Почему не поверят? Все знали, что у него было больное сердце, и все поверят”, – так закончил Сталин этот диалог.
Двери в спальню были прикрыты. Я подошел к ним и, немного приоткрыв, увидел, что там сидят на стульях у ног покойника Ежов и Каганович. Они о чем-то разговаривали. Я сразу же закрыл дверь во избежание излишних нареканий.
Спустя некоторое время в столовой собрались члены Политбюро и ряд других высокопоставленных лиц. Появился и Берия. Зинаида Гавриловна назвала Берию негодяем. Она направилась к Берии и пыталась дать ему пощечину. Берия сразу после этого исчез и больше на квартире Серго не появлялся.