Подобная pax academica не могла быть долговечной, и иезуиты понимали это. «Мы живем, постоянно ожидая нападения своих врагов, то есть врагов тех индейцев, с которыми мы живем (тамойо, части более обширной семьи тупи)». Тамойо – враги тупи из Пиратининги. Их нападение на португальцев было бы в высшей степени оправданно, беспристрастно утверждает Анчьета, «так как им было причинено много зла и несправедливости». Тамойо были более свирепы и многочисленны и пользовались поддержкой французских гугенотов, которые снабжали их оружием. Тогда наставник Нобрега отважился на смелый шаг. «Приняв во внимание бедствия, постоянные набеги врагов и справедливость их нападений, он решил заключить с ними (тамойо) договор; он пойдет к ним, а они придут сюда, и воцарится взаимная дружба и согласие». Поскольку Нобрега не знал языка и заикался, то в качестве своего представителя и переводчика он взял с собой Анчьету. Двое отважных путешественников достигли Иперуи, цели своего странствия, 7 мая 1563 года. «Мы оставили вещи на берегу, и наши собратья распрощались с нами в слезах, ибо оставляли нас на съедение голодным волкам», – рассказывает Анчьета. Затем «двенадцать юношей из двух деревень, больше, чем мы ожидали, сели на корабль в качестве заложников. Мы же остались на берегу и поселились в доме сельского вождя по имени Пиндобусу, что значит «большой пальмовый лист».
Пиндобусу был воином до мозга костей, мужественным и предельно честным. Португальцы захватили его обманным путем, но он бежал, «спрыгнув с корабля с кандалами на ногах, и шел пешком всю ночь». Если бы это зависело от него, заключить договор было бы легко. Но тамойо жили по меньшей мере двумя разными группами. Один из набегов возглавлял Паранабусу («Большое море»), сын Пиндобусу, «который славился кровожадностью. Они сговорились, что сначала, втайне от своих соплеменников, проникнут в дом, а затем несколько человек нас схватят, а он, Паранабусу, зарубит нас. Они были уверены, что сельчане не убьют их за это». Когда они вошли в дом, иезуиты читали молитвы вечерни. Когда они закончили, «подошел один со сверкающим мечом в руке и сел на сетку. Лицо его было не очень радостно, и он смотрел на нас искоса, не говоря ни слова. Затем подошел их вождь и с радостным лицом и большим коварством заговорил: «Это правда, что вы хотите заключить договор? Французы говорят, что вы хотите, чтобы мы пришли в вашу землю, а потом убьете нас и бежите, а нас обманете». В конце концов, после очень долгой беседы, он вместе со всеми прочими ушел.
Между тем в Сан-Висенти создалось впечатление, что переговоры идут успешно, мир обеспечен, и заложники могут разойтись по домам. Тамойо же думали иначе: «Меряя нашу верность и честность своей собственной, которая была очень скудна, они не отпускали нас; однако отцу Нобреге позволили вернуться».
21 июня Нобрега уехал, а Анчьета остался вместе с Антонью Луишем, мастером-каменотесом. Пиндобусу часто говорил: «Сын мой, Иосиф, не бойся. Даже если твои люди убьют всех моих родственников, которые на вашей земле, тебя я убить не позволю, ибо знаю, что ты говоришь правду». Дальше держать его в плену не имело смысла, и в конце концов, 14 сентября 1563 года, проведя четыре месяца в неволе, он получил разрешение уехать.
Пленение Анчьеты не прошло даром. Сначала был заключен мир между тамойо, с одной стороны, и тупи и португальцами – с другой. Второе событие, заключение мира с индейцами тамойо из Рио, произошло лишь в 1565 году. Это также случилось по инициативе и при деятельном участии Нобреги и его «правой руки», Анчьеты. Эта, вторая, часть договора включала в себя также основание города Рио-де-Жанейро после завоевания форта, занятого французами. Теперь, в 1565–1566 годах, он смог наконец завершить курс богословия и подготовиться к рукоположению в Баии. Он был рукоположен летом своим другом и товарищем по Коимбре доном Педру Лейтаном, который всегда относился к Анчьете с чрезвычайным уважением. В 1567 году Анчьета был назначен настоятелем Сан-Висенти и пребывал в этой должности до 1577 года – десять лет, исполненных миссионерского труда. Он пересек горную цепь Паранапиакаба по той тропе, которую проложил в 1560 году, и посетил деревни, основанные с тех пор. В 1574 году Анчьета взялся за наставление еще одного племени, маромоми. Удобный случай представился ему тогда, когда несколько индейцев этого племени пришли в Сан-Висенти, чтобы с ним познакомиться. Анчьета выучил их язык и принялся за составление его грамматики и словаря; эти труды были довершены его учеником и преемником Мануэлом Вьегашем.