Через две недели после публичного покаяния и отречения от ереси Калиостро был препровожден под конвоем в одну из самых мрачных тюрем папской инквизиции — в крепость Св. Льва (по-итальянски Сан-Лео), неприступный бастион, высившийся на вершине утеса Монте Фельтро. Узника везли в закрытой карете почти неделю и лишь в самом конце выпустили на свежий воздух, когда нужно было переправляться верхом через бурную речку, текущую по горному ущелью и дальше по крутому каменистому склону на карете было уже не проехать. Елена Блаватская пишет:
Преступники, которые отбывали наказание в крепости, были сплошь лица духовного звания, повинные в тяжких преступлениях — кражах и убийствах. Комендант крепости граф Семпронио Семпрони получил указания бдительно стеречь нового опасного узника — масона-еретика, бунтовщика и мятежника, принадлежавшего к секте иллюминатов, а также мага и чернокнижника. Он был помещен в камеру на самом верху бастиона, называвшуюся Tesoro — Сокровищница, потому что, по преданию, прежние владельцы Урбино герцоги ди Монтефельтро хранили в ней свои сокровища. Окон в этом темном и сыром помещении не было, не считая квадратного отверстия в потолке, забранного толстой железной решеткой с прутьями в четыре ряда, сквозь которое виден был только маленький кусочек неба. Прогулки не дозволялись, как и присутствие на службах в тюремной часовне. Власти боялись его влияния на других людей и опасались, что оставшиеся на свободе сторонники могут организовать узнику побег или выкрасть его.
Калиостро было запрещено какое бы то ни было общение с людьми, включая стражников и караульных, а тем более с другими заключенными. Последние, кого ему довелось видеть, были четыре конвоира, которые с трудом удерживали бившегося в припадке страдальца, когда у него начался жестокий приступ желудочных колик, сопровождавшийся конвульсиями; врач, призванный к новому узнику, и священник, явившийся отпустить грехи, поскольку никто не надеялся, что он останется жив после такого сильнейшего припадка. Однако узник выжил, и даже стал настаивать на разговоре с комендантом. Но желаемого не добился.