Корабли, поддерживающие НФАз, полностью контролировали Бакинскую бухту, пользуясь этим, именно тогда они попытались действовать против кораблей флотилии. Плавкран, например, «атаковал» стоявший в оконечности пирса тральщик, которым командовал капитан 3‐го ранга З. Казиев. Образумил нападавших предупредительный огонь из автоматов по воде, заставив повернуть вспять.
<…>
По некоторым данным, гидрографические суда сопровождали артиллерийские катера проекта 205П, которые при водоизмещении 211/245 тонн, были вооружены 2 спаренными 30 мм автоматическими пушками АК-230, корабли этого проекта были как в составе ККФ, так и на вооружении морских пограничников — 17 Отдельной бригады пограничных сторожевых кораблей, также базировавшихся в Баку.
Конкретно пока неясно, что это были за катера. Но капитан 3‐го ранга Б.Г. Красников, который командовал ПСКР‐610 (бортовой 023) 17 ОБрПСКР, был награжден орденом Красной Звезды.
Новоявленные «пираты», а у националистов «особо отличились» капитаны Керем Мамедов, Агалар Ибрагимов, Гюлага Меджидов, Ровшан Дамиров, Юлиан Радченко, Анатолий Семидядько не ожидали, что им все же дадут отпор за их провокационные действия. В своих воспоминаниях они представляют себя беззащитными «рыбаками», на которых напали «советские агрессоры».
Ровшан Дамиров, капитан судна «Нефтегаз-64» вспоминал: «21 января в 20 часов 30 минут военные без всякого предупреждения открыли огонь с правого борта и по каютам, в которых жил экипаж. Штурвал оказался выведен из строя, судно потеряло равновесие, нам пришлось остановиться. Мы попытались иступить в диалог с военными, но безуспешно. Скажу также, что обстрелявшие нас корабли сопровождали два военных катера».
Рассказывает капитан теплохода «Водолей-4» Мурад Бадал оглу Алиев (один из лидеров совета капитанов): «21 января около 20 часов командование ККФ попросило его дать возможность двум кораблям с женщинами и детьми после проверки выйти в море. Такую возможность дали, но когда к военным кораблям приблизились суда «Нефтегаз-64» и «Баба-заде», последние подверглись обстрелу, и кораблям удалось без проверки выйти в море».
Получив отпор, националисты через радиоэфир запричитали: «Всем, всем, всем! Миролюбивой общественности планеты Земля! 22 января 1990 года военный комендант г. Баку приказал военным кораблям применить оружие против гражданских судов. Вывозят тела убитых азербайджанских граждан, чтобы скрыть свои злодеяния от народа Азербайджана, мировой общественности. Корабельной артиллерией обстреляны теплоход «Актаун», суда «Нефтегаз-10», «Нефтегаз-18», «Нефтегаз-64», «40 лет ВЛКСМ», «Нефтегаз-3». Гражданские суда Каспийского пароходства. Бакинская бухта…» При этом убитых и раненых на борту судов не было, что наглядно подтверждает, что огонь велся поверх голов, для устрашения, а не для поражения.
Руководство армии и флота также не оставило случившиеся без внимания. Из публикации «Пиратские выходки» от 23 января в газете «Красная звезда»: «21 января три гидрографических судна, на которых находилось около 200 женщин и детей, в сопровождении артиллерийских катеров начали движение в море. Несмотря на предупреждение командования флотилии, четыре судна «Каспнефтефлота» во главе с теплоходом «Баба заде» начали опасное маневрирование с намерением таранить или взять на абордаж гидрографические суда. Катер сопровождения вынужден был произвести несколько предупредительных выстрелов. Только после этой меры удалось вывести гидрографические суда в море.
Как сообщил представитель главнокомандующего ВМФ на флотилии адмирал В. Сидоров, экстремистские действия «Каспнефтефлота» спровоцированы ложным утверждением лидеров НФА о том, что якобы на кораблях Каспийской флотилии вывозятся тела погибших бакинцев.
В ночь с 21 на 22 января с разрешения командования флотилии группе представителей НФА была предоставлена возможность по их выбору осмотреть любые корабли. Также им было предложено побеседовать с военнослужащими азербайджанской национальности. От последнего предложения они отказались».
После этого столкновения истерия среди азербайджанских моряков продолжалась. Из радиопереговоров между капитанами судов и руководством флотилии позывной «Восход»:
«Сабит Оруджев» — «Восходу»: Отведите военные суда в военный порт, тогда мы вернемся в исходное положение. Второе наше основное требование — на теплоходах «Бабазаде» и «Сабит Оруджев» нет оружия, и вы прекрасно об этом знаете. Пусть только что вышедшие в море гидрографические суда подойдут к нам. Наш народ хочет знать, что вы везете — свои семьи или тела убитых вами людей. Ведь на паром поступила команда грузить трупы».
Слухи о том, что до полутора тысяч трупов якобы были спрятаны на пароме «Казахстан», распространялись представителями НФАз через постпредство Азербайджанской ССР в Москве, эти сообщения являлись циничной ложью.