Голландцы создали на контролируемых ими территориях ряд марионеточных государств. 27 мая 1947 г. они предъявили Республике провокационный ультиматум с требованием признания суверенитета Нидерландов над Индонезией до создания СШИ и введения на всей территории Республики голландско-индонезийской жандармерии. Фактически это означало оккупацию Индонезии. 21 июля 1947 г. 120-тысячная голландская армия нанесла несколько поражений плохо вооружённым индонезийским войскам, заняла основные города, порты и плантационные районы на западной и Восточной Яве, Южной и Восточной Суматре. Однако главные силы республиканской армии, сосредоточенные на Центральной Яве, были сохранены, а в оккупированных голландцами районах развернулись партизанские сражения. В историю Индонезии возобновление голландцами этих военных действий вошли под названием
Агрессия голландских колонизаторов вызвала бурю протестов мировой прогрессивной общественности. Советский представитель в Совете Безопасности ООН потребовал прекращения военных действий и отвода голландских войск на исходные позиции. Западные державы отвергли это предложение, и было принято решение лишь о прекращении огня и о создании Комиссии добрых услуг из представителей США, Австралии и Бельгии.
Голландцы вынуждены были временно отказаться от планов ликвидации Республики и возобновить с нею переговоры. При участии Комиссии добрых услуг переговоры состоялись на борту американского транспортного судна «Ренвил». 17 января 1948 г. переговоры закончились подписанием
Сразу же после заключения Ренвильского соглашения в едином антиколониальном фронте произошёл раскол. Машуми (правое крыло национальной буржуазии) и НПИ (Национальная партия Индонезии), стремящиеся свалить кабинет А. Шарифуддина, опиравшегося в основном на левые партии (в том числе на КПИ), приняли решение «отвергнуть соглашение», обвиняя правительство в «чрезмерной уступчивости». Это вынудило Шарифуддина уйти в отставку. Сменил его М. Хатта, стоящий как вице-президент вне политических партий. 29 января Хатта опубликовал программу кабинета, задачей которой было продолжение переговоров на основе Ренвильского соглашения и образование Соединённых Штатов Индонезии.
А. Шарифуддин после отставки создаёт Народнодемократический фронт (НДФ), под знаменем которого идёт консолидация левых сил. Вернувшийся из эмиграции один из руководителей КПИ 20-х годов М. Муссо активно включается в работу чрезвычайной конференции КПИ, проходящей 25–27 августа 1948 г. в Джокъякарте. Конференция выдвигает лозунг создания в Индонезии единого национального антиимпериалистического фронта и, вместе с тем, – требование о полном отказе от Лингаджатского и Ренвильского соглашений. Тем временем М. Хатта, занимающий в то время и пост министра обороны, отдаёт приказ ускорить демобилизацию воинских частей, находящихся под влиянием и контролем Коммунистической партии.
18 сентября военизированные отряды организации Социалистической молодёжи Индонезии (Песиндо) при поддержке придерживающихся левых взглядов офицеров регулярной армии установили свой контроль в г. Мадиуме на Центральной Яве и объявили о «начале революции». Для руководства КПИ события в Мадиуме явились полной неожиданностью. Будучи поставленной перед свершившимся фактом Муссо и его сторонники присоединились к восставшим. Таким образом, партия оказалась втянутой в вооружённую борьбу. Это послужило поводом правым для расправы с ней, а заодно – и со сторонниками Шарифуддина. В ходе подавления Мадиунского восстания погибли в бою или были расстреляны сотни коммунистов и членов Песиндо, в том числе Муссо, Шарифуддин, Сарджоно и др. 35 тыс. коммунистов и сочувствующим им было арестовано, КПИ был нанесён удар, от которого она оправилась лишь через несколько лет.
Раскол национальных сил ослабили Республику. Этим воспользовались колониальные власти и вновь попытались покончить в ней. Утром 19 декабря 1948 года, расторгнув соглашение о перемирии и нарушив резолюции Совета Безопасности о прекращении огня, 150-тысячная голландская армия перешла в наступление. Парашютный десант овладел Джокъякартой и взял в плен Сукарно и несколько министров правительства Индонезийской Республики.