Юрий Крижанич в одном из своих сочинений, «О промысле», указал дату своего рождения — «от Сотворения мира в 7174, а жизни моей на 49 году». Впрочем, по некоторым данным, его рождение можно отнести не к 1618-му, а к 1617 г. Хорват по происхождению, он принадлежал известному дворянскому роду, ведущему свою историю с XIII в., когда венгерский король Бела IV (1235—1270) пожаловал дворянство родоначальнику Крижаничей. Род этот разделился на четыре ветви: Клокочских, Грезновских, Мрацлинских и Неблюшских. В семье Неблюшских и родился будущий просветитель славянских народов. Уже в раннем возрасте Юрий Крижанич проявил большую любознательность и стремление к знанию, учебе. С детства он владел венгерским и турецким языками, а во время учебы в Загребской католической семинарии стал осваивать латынь, готовясь принять сан священника. В 1638 г. на средства Загребской епископии его отправили в Вену для продолжения учебы. Здесь он изучил еще один язык — немецкий, и настолько хорошо, что через год уже свободно говорил и писал на нем. С 1640 г. Крижанич находится в Риме, который в это время был центром схоластики. Единственным учреждением, дававшим возможность неимущим студентам получить образование, был греческий иезуитский коллегиум св. Афанасия, где брали учеников на полное обеспечение, платили стипендию, предоставляли общежитие, но в обмен иезуиты требовали от своих воспитанников полного подчинения. Коллегиум был основан в 1577 г. папой Григорием XIII для того, чтобы обучать в нем людей, которым придется затем посвятить свою жизнь соединению церквей — греческой (православной) и римской (католической). Однако не сразу Крижаничу разрешили учебу. В феврале 1641 г. было принято решение допустить хорвата до экзаменов. Его знания проверял кардинал Санта-Кроче. Крижанич показал свою эрудицию в области богословия, знания латыни, итальянского, испанского, немецкого языков, риторики и философии. Специальным решением папы Урбана VIII Крижаничу было позволено учиться в коллегиуме св. Афанасия. В одно время с ним в коллегии обучался известный впоследствии деятель Паисий Лигарид, принявший участие в борьбе царя Алексея Михайловича с патриархом Никоном.