Потрясающее свидетельство Токарева — его показание о приказе Кобулова не оставлять в живых ни одного свидетеля, который не участвовал в казнях. Как тут не вспомнить русских нигилистов, Сергея Нечаева с его идеей повязать кровью заговорщиков и изображение нечаевщины в «Бесах» Достоевского, где Николай Ставрогин советует Верховенскому: «…есть одна штука еще получше: подговорите четырех членов кружка укокошить пятого, под видом того, что тот донесет, и тотчас же вы их всех пролитою кровью, как одним узлом, свяжете. Рабами вашими станут, не посмеют бунтовать и отчетов спрашивать». Именно из-за кобуловского приказа, желая спасти жизнь одному из водителей, который отказался было участвовать в расстрелах, Токарев, по его словам, угрожал ему расстрелом.
Токарев выразительно описал главаря палачей Блохина, приехавшего со своими подручными для исполнения бессудных приговоров из Москвы: «Перед расстрелом Блохин надел спецодежду: кожаную коричневую кепку, длинный того же цвета кожаный фартук, такие же перчатки с крагами выше локтей…»
Благодаря показанию Токарева о том, что все участники расстрелов были награждены в приказе по НКВД, по этому наградному списку нашли и других доживших до наших дней членов расстрельной команды. Наконец, Токарев с высокой точностью — ошибся всего на 16 человек — назвал число расстрелянных в Медном и указал точное место захоронения.
В ходе расследования подполковник Яблоков привлек к изучению собранных материалов группу видных экспертов во главе с директором Института государства и права Российской Академии наук Борисом Топорниным. Комиссия, в которую вошли историки, юристы, криминологи и специалисты по судебной медицине, тщательно проанализировала весь корпус документов, в том числе данные немецкой и польской экспертиз 1943 года.
В итоге эксперты пришли к заключению о том, что эксгумация останков, с которыми работала комиссия Бурденко, была проведена заранее, исследование трупов было поверхностным. Полные протоколы судебно-медицинской экспертизы обнаружить не удалось, а данные, имеющиеся в акте, приложенном к сообщению комиссии Бурденко, содержат лишь выводы, но не основания для этих выводов. В частности, непонятно, каким образом судмедэксперты датировали смерть осенью 1941 года. Они ссылались лишь на свой личный опыт, но непонятно, учитывали ли они свойства почвы, климатические особенности, активность микрофауны, факт двойной эксгумации трупов и другие объективные факторы. Никаких следов «последующих микроскопических и химических исследований в лабораторных условиях», для которых изымал материал Бурденко, следствию обнаружить не удалось. По авторитетному мнению членов комиссии академика Топорнина, при таких условиях даже современная судебная медицина во всеоружии современных методов исследования не в состоянии определить время расстрела с точностью до полугода. Поэтому международная комиссия, работавшая в Катыни в 1943 г. по приглашению немецких оккупационных властей, этого и не сделала: дата была установлена по документам, найденным на трупах. Метод псевдокаллуса, предложенный венгерским экспертом профессором Оршосом для датировки захоронений (твердые отложения на поверхности мозговой массы), по мнению специалистов комиссии Топорнина, судебно-медицинской практикой не подтвердился. Но выводов, основанных на вещественных доказательствах, это не отменяет.
Отдельную проблему представляла проверка аутентичности документов «особой папки». На утверждениях, что эти документы — позднейшая подделка, строили свои возражение против приобщения их к материалам «дела КПСС» эксперты КПСС — заведующий кафедрой Волгоградской высшей следственной школы МВД РФ профессор Феликс Рудинский и кандидат юридических наук народный судья Слободкин. Эти аргументы с тех пор остаются в обороте российской публицистики на катынскую тему. В своем «опровержении» Юрий Слободкин пишет:
«Одним из признаков, указывающих на фальсификацию записки Берии и выписки из протокола заседания Политбюро ЦК ВКП(б), явилось полное совпадение дат отправки записки (5 марта 1940 г.) и проведения заседания Политбюро (тоже 5 марта 1940 г.). В практике работы Политбюро такого никогда не было. Разрыв во времени между датой отправки того или иного документа с предложением рассмотреть какой-то вопрос на заседании Политбюро и самим заседанием составлял не менее 5–6 дней».
Профессор Рудинский, в свою очередь, ссылается на мнение Слободкина, которому, судя по всему, доверяет. Слободкин, пишет он, заявил, «что протокол заседания Политбюро, где за № 144 от 5 марта значится «Вопрос НКВД», по его мнению, сфальсифицирован. Он обратил внимание суда, что нумерация заседаний Политбюро вызывает сомнение: № 136, потом вдруг сразу № 144 от 5 марта. «Почему, если все это… велось по порядковым номерам, не идет 137 номер записи по порядку, а идет вдруг сразу 144 номер?» — спросил Юрий Максимович».