Вскоре после того, как Ф.М. Достоевский, тоже разжалованный в солдаты, попал в Семипалатинск, семипалатинский губернатор П.М. Спиридонов, приятель генерал-губернатора А.Е. Врангель и адъютант Ч.Ч. Валиханов уговорили Гасфорта написать военному министру представление о присвоении опальному писателю Достоевскому унтер-офицерского чина. Спустя некоторое время в пакете, привезенном фельдъегерем из Петербурга, Чокан обнаружил приказ о производстве Ф.М. Достоевского в унтер-офицеры. Федора Михайловича и Чокана связывали самая искренняя дружба и глубокое взаимное уважение.
Весной 1856 года военно-топографическая экспедиция во главе с полковником М.М. Хоментовским, участвовавшим в свое время в походе против султана Кенесары, отправилась проводить топографические работы вокруг озера Иссык-Куль.
Генерал-губернатор Гасфорт решил, что участие его адъютанта Чокана Валиханова в этой экспедиции не будет лишним, поскольку Чокан был очень полезным в вопросах дипломатии. Дело в том, что киргизский род Бугу, возглавляемый манапом Боромбаем, в 1854 году просил предоставить им российское подданство, а теперь Боромбай пригласил русских для разрешения внутренних споров между киргизскими бугинцами и сарыбагышами, а также между бугинцами и казахскими родами албан и дулат. Отношения между бугинцами и сарыбагышами были весьма натянутами, так как в одном из боев был убит манап сарыбагышей Ормон. Тем не менее сарыбагыши вытеснили бугинцев из их исторически сложившихся кочевий и очень доходных караванных переходов на Кашгар. Свои претензии конфликтующие стороны передали российским властям через участников экспедиции Хоментовского.
Назад Чокан возвращался другим путем, отдельно от своих товарищей по экспедиции. По дороге он был поглощен киргизским эпосом «Манас» и устной историей дикокаменных киргизов, как тогда их называли русские путешественники.
Чокан Валиханов и Федор Достоевский
В Семипалатинске, в доме Демчинского, с которым Валихановы были дружны еще в Омске, на исходе 1856 года состоялась встреча Ф.М. Достоевского, П.П. Семенова-Тян-Шанского и Ч.Ч. Валиханова. Эта встреча кардинально повлияла на судьбу Чокана и в итоге привела к признанию его заслуг на высочайшем уровне.
21 февраля следующего года по рекомендации П.П. Семенова поручик Чокан Валиханов стал действительным членом Русского географического общества. Много позже стало известно, что именно Семенов-Тян-Шанский подсказал Западно-Сибирскому генерал-губернатору идею отправить Чокана в Кашгар для выполнения задачи государственной важности. Европейцам путь туда был закрыт. А 15 июля 1857 года в Омск из Кульджи пришло донесение русского консула Ивана Ильича Захарова о том, что китайцы, встревоженные сообщениями из Кашгара, отправляют туда войска. Восстание против маньчжурской династии организовал в Кашгаре, якобы, Коканд, направив туда правоверных мусульман во главе с ходжами. Серьезность этого донесения оценил Егор Петрович Ковалевский, в бытность свою дипломатом заключивший с Китаем Кульджинский договор, а теперь он был директором Азиатского департамента в Петербурге. Дело усугублялось большой заинтересованностью англичан в происходящей в Кашгаре смуте.
Годом раньше Чокан Валиханов встречался с российским консулом в Кульдже И.И. Захаровым. На территории, отведенной китайскими властями в соответствии с Кульджинским договором, там была построена русская фактория, куда Захаров возил тогда членов военно-научной экспедиции и где уже успели построить двухэтажный каменный дом консула, дома для сотрудников, гостиный ряд, баню, торговые ряды, складские помещения и казармы для казаков. Наблюдательный Чокан потом писал: