12 апреля 1858 года семипалатинский караван возвратился из Кашгарии в укрепление Верное. Поручика Чокана Валиханова – купца Алимбая – сердечно встречал майор Герасим Алексеевич Колпаковский, новый начальник Алатавского округа и казахов Большого жуза.
Через 13 дней, несмотря на болезнь, Чокан отправился в Семипалатинск, оставив свой караван позади.
13 июля 1859 года генерал-губернатор Г.К. Гасфорт отправил министру иностранных дел князю А.М. Горчакову рапорт о благополучном возвращении поручика султана Валиханова, собравшего много полезных сведений. С отчетом для Азиатского департамента Чокан должен был ехать в Петербург, как только поправится подорванное трудностями и лишениями здоровье.
16 декабря 1860 года Г.К. Гасфорт вновь пишет А.М. Горчакову:
Перед поездкой в Петербург Чокан Валиханов все сведения, выводы и предложения, касающиеся российской политики в Восточном Туркестане изложил письменно и на всякий случай сделал копии. Как известил генерал-губернатор директора Азиатского департамента Ковалевского, отчет Валиханова был отправлен 27 января 1860 года с фельдъегерской связью. Только после этого, более или менее поправив здоровье, Чокан отправился в столицу из Омска.
Император Александр II проявил большой интерес к экспедиции Валиханова в Восточный Туркестан, к личности российского офицера – инородца, так блестяще охарактеризованного генерал-губернатором Гасфортом. В представление о награждении Чокана Александр II внес исправление, указав наградить его не орденом Святой Анны, а орденом Святого Владимира, имеющим более высокий статус. Награду Чокан получил из рук царя. Его приняли в штат Азиатского департамента, одновременно он числился в военном ведомстве. В Петербурге перед Чоканом открылась хорошая карьерная перспектива.
4 мая 1860 года в Русском географическом обществе, действительным членом которого он уже состоял, Чокан сделал первое сообщение о своем путешествии в Кашгар в присутствии известных географов, историков, востоковедов и, конечно же, представителей российского военного и дипломатического ведомств, среди которых были Потанин, Ядринцев, Голубев, Венюков, Макшеев. Аскер-хан. Был здесь и самый близкий друг Чокана – Ф.М. Достоевский.