В конце XVIII века, с 1770 по 1775 год, Уральское казачье войско сотрясали бунты и мятеж Пугачева. Зимой 1770/71 года яицким казакам было приказано воспрепятствовать уходу к китайской границе калмыков, более века проживших к северо-западу от Каспия. Казаки отказались исполнить этот приказ. Количество калмыков, которых они пропустили вместе с их стадами, оценивается в более чем 120 000 человек. Их неповиновение переросло в бунт, возглавленный казаком Кирпичниковым (январь 1771 года). Для его усмирения оренбургскому губернатору пришлось отправлять генерала Траубенберга с войсками. Но тот был убит в бою, как и атаман Дурново. Бунт продолжался, сопровождаемый грабежами. Мятежники попытались оправдаться, отправив посольство в Санкт-Петербург. Вместо ответа на них бросили генерала Фреймана с регулярными войсками и оренбургскими казаками. Фрейман подавил бунт, разгромив силы Кирпичникова возле Яицкого городка (4 июня 1771 года). Потом вспыхнул Пугачевский бунт, события которого мы уже описывали (1773–1774). Вследствие этого императрица Екатерина Великая решила лишить яицких казаков последних остававшихся у них вольностей: собрания круга, выборов командиров и т. д. – и даже переименовала Яик в Урал, поскольку «оная река проистекает из Уральских гор». С тех пор казаки воспевали Яик под именем Урал:
Но эти перемены не прекратили их воинских подвигов. В 1790 году их отряд под командой старшины Донского входил в конвой князя Потемкина. В том же году они штурмовали Измаил в рядах суворовских войск. В 1792 году полк из 500 казаков под началом старшины Михайлова сражается на Кавказской линии. То же самое в 1795 и 1796 годах. На протяжении всего XVIII века полки уральцев без перерыва находились на Кубани и вообще на Кавказе. В 1796 году 1000 казаков во главе с войсковым атаманом отправились в поход в киргизские степи для наказания этих разбойников. В следующем году, под командованием майора Назарова, они разгромили грозные банды на Волге. 1 июля 1798 года, с атаманом Бородиным и майором Мизиновым, 800 казаков выступили из Уральска, чтобы принять участие в Итальянском и Швейцарском походах генерала Римского-Корсакова, вместе с которым они в 1799 и 1800 годах сражались против французов при Цюрихе и в других местах.
В 1798 году Павел I даровал Уральскому войску две милости. Во-первых, сотня уральцев отныне входила в гвардию под названием Императорская гвардейская сотня. (В 1830 году ее переименуют в Уральскую гвардейскую сотню, с правами и привилегиями Молодой гвардии; в 1846 году слово «сотня» заменят на эскадрон; в 1847 году эскадрон станет группой, чтобы в 1868 году вновь превратиться в эскадрон, а в 1883 году получит права и привилегии императорской Старой гвардии.) Во-вторых, звания полковника, войскового старшины, есаула, сотника и хорунжего приравнивались к соответствующим чинам регулярной армии, а войско получало пять знамен, которые оно благоговейно сохранило.
В 1798 году группа из 60 казаков гвардейской сотни под командованием поручика Гавриила Токарева находилась на флоте и принимала вместе с англичанами участие в боях против французов. В декабре 1803 года был издан новый регламент для войска. Он предусматривал формирование десяти полков, казаки должны были иметь одинаковое обмундирование и вооружение. До этой даты они являлись на службу в разноцветной долгополой одежде и вооруженные самым разнообразным оружием: кто пикой, кто ятаганом, кто саблей, кто пистолетом, кто ружьем или дробовиком. Регламент этот вызвал недовольство, и генералу Медеру, которому поручено было претворять его в жизнь, уральские казаки открыто заявили, что не желают «нового положения». Тогда оренбургский губернатор князь Волконский выступил на Уральск во главе регулярных частей; казаки покорились, главные зачинщики были сосланы, а регламент введен. Но два года спустя войско снова добилось права использования своей старинной системы наемки, заключающейся в том, что казаки, которые идут в поход, нанимаются по доброй воле своими товарищами, которые им за это платят.