Как ни странно, гораздо меньше беспокойства вызывала Чехословакия. Старый специалист Центра по Чехословакии Анатолий Александрович Русаков позже рассказывал Гордиевскому, что в 1956 году ряд аналитиков ПГУ предсказали, что через несколько лет Прага последует контрреволюционному примеру Будапешта. Но когда предсказания не сбылись и Чехословакия стала весьма процветающей страной по стандартам советского блока, Центр успокоился, поверив в иллюзию безопасности. Когда в январе 1968 года на смену стареющему неосталинистскому Первому секретарю ЦК Чехословацкой компартии Антонину Новотному пришел сорокашестилетний Александр Дубчек, реакция в Центре и Кремле поначалу была положительной. В КГБ Дубчека называли «наш Саша». Когда в Чехословакии начались реформы, Одиннадцатый (восточноевропейский) отдел ПГУ сначала решил, что «нашим Сашей» хитро манипулируют «буржуазные элементы» в Чехословацкой компартии, но увидев, что Дубчек — одна из движущих сил «Пражской весны», и Кремль, и Центр почувствовали, что дело пахнет изменой. Очевидец, присутствовавший при разговоре Брежнева с Дубчеком после ввода советских войск в Чехословакию в августе, так описывал эту встречу: «Ведь я же тебе с самого начала хотел помочь в борьбе с Новотным, — сказал Брежнев Дубчеку. — Я верил тебе, защищал тебя, — корил он Дубчека. — Я говорил, что наш Саша — хороший товарищ. А ты нас так страшно подвел!» При этом голос Брежнева дрожал и прерывался: казалось, он вот-вот заплачет.»
В отличие от Надя в 1956 году, Дубчек дал ясно понять, что его правительство не собирается выходить из Организации Варшавского Договора или отказываться от социализма, но, как совершенно правильно рассчитала Москва, «социализм с человеческим лицом», за который ратовала Прага, рано или поздно нанесет непоправимый ущерб руководящей роли Коммунистической партии.
Первым крупным последствием «Пражской весны» в Московском центре стало снятие запрета на шпионскую деятельность КГБ в странах народной демократии. Главный советник КГБ в Праге генерал Котов получил от реакционно настроенного главы СТБ Йозефа Хоуски фотокопии личных дел всех его офицеров. Прогрессивный министр внутренних дел генерал Йозеф Павел был в «черном списке» КГБ, но комитету удалось завербовать его заместителя Вильяма Шалговича. В течение какого-то периода во время «Пражской весны» Шалгович жил на вилле Хоуски и мог регулярно встречаться с сотрудниками КГБ, не привлекая внимания сторонников Дубчека из Министерства внутренних дел. Ян Бокр, высокий чин в Министерстве внутренних дел, также завербованный КГБ, предоставил КГБ возможность прослушивать телефонные разговоры в министерстве. Прослушивающая аппаратура была установлена также в домах ведущих реформаторов. Полученные таким образом сведения были использованы после вторжения войск Варшавского Договора для того, чтобы арестовать сотрудников СТБ и других граждан, преданных режиму Дубчека.
Центр также направил в Чехословакию под видом западных туристов около тридцати нелегалов, проживающих на Западе. Среди них был и брат Гордиевского — Васильке Антонович Гордиевский, разъезжавший с западногерманским паспортом. Чехословацкие «революционеры», как полагал Центр, будут более откровенны насчет своих подрывных планов с теми, кого они принимают за выходцев с Запада, чем со своими соседями по Восточной Европе. Кроме того, дешифровальщики из Восьмого управления поставляли непрерывным потоком данные, полученные при расшифровке чехословацкой дипломатической корреспонденции.
Как часто бывало и раньше, успехи КГБ в сборе информации не подкреплялись должным анализом полученных данных. Из-за своих идеологических шор Центр представлял оппозицию не иначе, как воплощение заговоров и путчей. А за всеми заговорами в Восточной Европе, реальными и воображаемыми, Центру мерещилась рука Запада вообще и западных разведслужб, в частности. По мнению Центра, западная разведка вновь прибегла к помощи сионистских агентов. Агентам КГБ в Министерстве внутренних дел Чехословакии было приказано докладывать обо всех сотрудниках еврейского происхождения. Прекрасно сознавая, что основная масса представленных общественности свидетельств западного заговора была сфабрикована, КГБ в то же время ни на секунду не сомневался в том, что заговор реально существует.