Вновь Центр отвергал все данные, которые не вписывались в его теорию заговора. Часть самой важной информации такого рода поступала во время «Пражской весны» из Вашингтона, где энергичному тридцатичетырехлетнсему начальнику линии КР (внешняя разведка) Олегу Даниловичу Калугину удалось получить доступ к «абсолютно надежным документам», которые подтверждали, что никакого участия ни ЦРУ, ни другие американские ведомства в подготовке чехословацких событий не принимали. Более того, он сообщал, что «Пражская весна» застигла Вашингтон врасплох. Успешная деятельность Калугина в США положила начало его стремительному росту по службе, и шесть лет спустя он стал самым молодым генералом в ПГУ. Но в 1968 году от его донесений попросту отмахнулись. По возвращении в Москву Калугин «был шокирован», узнав, что Центр приказал «никому не показывать мои послания и уничтожить их». Вместо того, чтобы дать ход информации Калугина, «КГБ нагнетал страхи, распространяя слухи, что Чехословакия может стать жертвой агрессии НАТО или переворота.»
Несмотря на то, что Андропов был человеком незаурядным, он, как и все его предшественники, был приверженцем теории заговора. Выступая в октябре 1968 года, то есть через два месяца после ввода советских войск, перед комсомольцами КГБ, он сказал, что «изменение соотношения сил в пользу социализма» неизбежно ведет к попыткам Запада подорвать его успех: «Враг оказывает прямую и косвенную поддержку контрреволюционным элементам, предпринимает идеологические диверсии, создает всевозможные антисоциалистические, антисоветские и другие враждебно настроенные организации, раздувает пожар национализма. Яркое тому подтверждение — события в Чехословакии, где трудящиеся при братской международной поддержке стран социалистического содружества решительно пресекли попытку контрреволюционеров свернуть Чехословакию с социалистического пути».
Тот факт, что западные разведслужбы следили за ходом реформ в Чехословакии, Андропов интерпретировал как доказательство их роли в содействии событиям «Пражской весны». 19 июля «Правда» опубликовала выдержки из плана осуществления «идеологических диверсий» в Чехословакии, якобы разработанного в ЦРУ, в качестве прелюдии к «освобождению Восточной Германии и Чехословакии». Особо подчеркивалось предполагаемое «внедрение в органы государственной безопасности, военную разведку и контрразведку Чехословакии». Хотя сам план был сфабрикован Отделом А ПГУ (ответственным за «активные меры»), тревога Центра по поводу влияния «Пражской весны» на СТБ и его связи с КГБ была неподдельной. В июне министр внутренних дел Павел провел чистку СТБ и заменил Хоуску на сторонника Дубчека. В следующем месяце Павел публично заявил, что к его ведомству прикомандировано шесть офицеров связи КГБ. Если бы «Пражская весна» продолжалась, их дни были бы, несомненно, сочтены. Одновременно в серии статей Карела Каплана, главного эксперта официальной комиссии Пиллера, занимавшейся расследованием политических процессов пятидесятых годов, сообщалось, что «советники» КГБ во время процессов действовали независимо от чехословацких властей. Поговаривали, что Пиллер предупредил партийное руководство, что в докладе его комиссии будут содержаться настолько «шокирующие факты, что их обнародование может серьезно пошатнуть авторитет партии и кое-кого из ее высшего руководства». Хотя публикация доклада была отложена, полагают, что руководство Дубчека, в принципе, согласилось с рекомендацией комиссии о роспуске политической полиции. Премьер-министр Чехословакии Ольдржих Черник позднее утверждал, что опасения Москвы по поводу сокращения партийного влияния в органах госбезопасности и вооруженных силах, которые усугублялись паническими донесениями советских советников, были «последней каплей, переполнившей чашу терпения.»