В течение недель и месяцев после советского вторжения Гордиевский тоже «выбирал свою судьбу». Теперь он уже не сомневался, что советское однопартийное государство было по природе своей душителем человеческих свобод. На протяжении последующих лет он много думал о том, какой личный вклад может внести в борьбу за демократию. Летом 1968 года мало кто из советской интеллигенции открыто выступал в поддержку «Пражской весны», но степень сочувствия чехословацкому движению не давала покоя ни КГБ, ни партийному аппарату. Газете «Советская культура» потребовался месяц, чтобы найти семь заслуженных деятелей искусств, которые бы подписались под статьей, которая осуждала «2000 слов» Людвика Вацулика, один из самых ярких радикальных манифестов «Пражской весны», опубликованный в июне 1968 года. В июле Отдел пропаганды ЦК издал директиву, в которой подчеркивалась острая необходимость воспитания «советской интеллигенции в духе идейной убежденности».
По словам Алексея Аджубея, Андропов «никогда не предавался паническим и тем более паникерским настроениям. Но… он считал, что нельзя быть благодушным, когда „разбалтываются“ идеологические устои, резко говорил о многих писателях, актерах и режиссерах.» Всевозможные истории, распространяемые КГБ среди иностранных журналистов, постеленно создали образ Андропова, рассчитанный исключительно на западное потребление. В этом образе, по словам журналов «Тайм» и «Ньюсуик», Андропов представал как «скрытый либерал», который «хорошо владеет английским», «собирает записи известных ансамблей», «читает на досуге американские романы» и «старается по-дружески беседовать с протестующими диссидентами».
Однако отличительной чертой Андропова было не сочувственное отношение к диссидентам, а более утонченные методы подавления инакомыслия. После «Пражской весны» он создал новое Пятое управление, которое изучало все проявления инакомыслия и вело с ними борьбу. Специализированные отделы этого управления занимались слежкой за представителями интеллигенции, студентами, националистами из национальных меньшинств, верующими и евреями. Вместо того, чтобы судить их по состряпанным обвинениям на показательных процессах, как, например, Синявского и Даниэля, диссидентов отправляли в психиатрические лечебницы, где послушные Пятому управлению психиатры, такие, как доктор Д.Р. Лунц из Московского института судебной психиатрии им Сербского, определяли, что у них «вялотекущая шизофрения» или «мания реформаторства». Признанных душевнобольными диссидентов лишали остатков их гражданских прав и накачивали самыми разными лекарствами, которые им прописывали Лунц и его коллеги. Такое использование психиатрии основывалось не просто на целесообразности, а на убежденности, порожденной однопартийным Советским государством, что единственно правильные ценности — это ценности партии. А те, кто не принимает эти ценности, — «психи ненормальные», которых надо «перевоспитывать», как выразился Виталий Федорчук, сменивший Андропова на посту председателя КГБ. Во избежание международного осуждения за признание душевнобольными таких известных на Западе людей, как Александр Солженицын, некоторых из наиболее видных диссидентов просто вынудили покинуть страну.
Шок, вызванный «Пражской весной», продолжал сказываться на политике Кремля и КГБ в Восточной Европе на протяжении последующих двадцати лет. Впервые ограничения суверенитета стран народной демократии были официально закреплены в сентябре 1968 года в «доктрине Брежнева». В этом документе утверждалось, что каждый народ имеет право идти «к социализму своим путем», но политика его «не должна наносить ущерб социализму ни в его собственной стране, ни коренным интересам других социалистических стран или международного рабочего движения, борющегося за социализм». Если такой «ущерб» будет иметь место в любой стране народной демократии, в доктрине недвусмысленно подчеркивалось, что в этом случае «интернациональным долгом» других социалистических стран во главе с Советским Союзом будет «решительное противодействие антисоциалистическим силам», как это было в Чехословакии.