К Холокосту Владыка никак причастен не был. Следует упомянуть, что митрополит Сергий (Воскресенский) был убит 29 апреля 1944 г. в 40 километрах от Каунаса, при невыясненных до конца обстоятельствах, но, скорее всего, агентами СД по заданию Главного управления имперской безопасности за нежелание осудить избрание Патриарха Московского и всея Руси и выйти из его юрисдикции. В частности, руководитель полиции рейхскомиссариата «Остланд» обергруппенфюрер СС Ф. Еккельн после ареста, на допросе 31 декабря 1945 г., показал: «Митрополит Сергий находился давно под наблюдением СД и гестапо… Фукс дал мне прочитать приказ о ликвидации митрополита Сергия за подписью Кальтенбруннера, из которого следовало, что Сергий должен быть убит таким способом, чтобы путем провокации его убийство можно было свалить на немецких партизан. Так и было сделано фактически»450
.С лета 1942 г. в оккупированных областях Центральной России немцы стали в отдельных случаях допускать священников в лагеря для советских военнопленных (хотя высшим руководством Третьего рейха это в принципе запрещалось). После молебнов священники иногда выступали с проповедями, в которых говорилось о том, что война послана Богом за грехи большевиков; пленных красноармейцев призывали молиться «за скорейшее окончание войны», «разгром жидо-болыпевизма» и «скорейшее возвращение домой». На подобных проповедях обязательно присутствовали представители лагерной администрации451
.Деятельность православных священнослужителей, сотрудничавших с немецкими оккупантами, вызвала негативную реакцию со стороны Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского). 22 сентября 1942 г. он, обращаясь к чадам Православной Церкви, обитающим в Прибалтике, указывал: «Упорствующих же в неповиновении голосу Церкви и хулителей ее церковный суд не потерпит в среде епископства православного». В тот же день Патриарший Местоблюститель и еще 14 архиереев подписали «Определение по делу митрополита Сергия Воскресенского с другими»: «Отлагая решение по сему делу до выяснения всех подробностей… 1) Теперь же потребовать от митрополита Сергия Воскресенского и прочих вышеназванных преосвященных объяснения (с опубликованием его в печати), соответствуют ли действительности дошедшие до Патриархии сведения об архиерейском совещании в Риге. 2) В случае, если сведения признаны будут соответствующими действительности, предложить преосвященным немедленно принять все меры к исправлению допущенного ими уклонения от линии поведения, обязательной для архиереев, состоящих в юрисдикции Московской Патриархии…»452
Патриарший Местоблюститель с возмущением писал, что прибалтийское духовенство возносит молитвы за Гитлера, восхищается борьбой, которую он ведет, в то время как убивают беззащитных женщин и детей. Это, несомненно, указывало на то, что в Московской Патриархии знали о массовом уничтожении евреев и осуждали его. 8 сентября 1943 г., в день избрания митрополита Сергия (Страгородского) Патриархом Московским и всея Руси, Архиерейский Собор подготовил и принял четыре документа. Одним из них было постановление «Осуждение изменников Вере и Отечеству», в котором говорилось, что «всякий виновный в измене общецерковному делу и перешедший на сторону фашизма, как противник Креста Господня, да числится отлученным, а епископ или клирик — лишенным сана»453
.После прихода советских войск священнослужители Московского Патриархата, помогавшие партизанам и подпольщикам вести борьбу с нацистами, нередко входили в состав комиссий по расследованию злодеяний, совершенных немецко-фашистскими захватчиками и их пособниками, и порой сами давали свидетельские показания, помогавшие выявлять участников преступлений среди коллаборационистов. В некоторых из этих показаний говорилось и о Холокосте.
Ситуация, подобная той, что существовала в Московском Патриархате, была в обновленческой Православной Церкви на территории СССР, которую возглавлял частично имевший еврейское происхождение митрополит Александр Введенский. Доля священников — евреев по происхождению в ней была выше, а на оккупированной территории нацисты преследовали обновленцев особенно активно. Например, был арестован обновленческий священник в г. Житомире на Украине, начавший служить после прихода германских войск. Кубань и Северный Кавказ являлись единственным регионом, где деятельность обновленцев хоть в каком-то виде допускалась оккупационными властями454
.