Особенности режима экономической деятельности в СЭЗ состоят в первую очередь из особых льгот, характер которых зависит от типа и разновидности СЭЗ. Так, для СЭЗ производственного типа должны устанавливаться в первую очередь льготы по налогообложению прибыли, для внешнеторговых — по таможенным платежам (например, по «входному» НДС, таможенным пошлинам). Следует вместе с тем иметь в виду, что режим С Э: не может распространяться на подакцизные товары и товары 1-24 групп Украинской классификации товаров внешнеэкономической деятельности (п. 2 раздела II Закона Украины «О внесении изменений в некоторые законы Украины по вопросам налогообложения подакцизных и некоторых других товаров» от 24 декабря 2002 г.). Льготы могут устанавливаться только для субъектов СЭЗ, расположенных на ее территории, и должны отвечать требованиям, определенным в законе о той или иной СЭЗ.
Режим СЭЗ должен включать в себя режим специальной таможенной зоны (ст.ст. 217, 218 Таможенного кодекса Украины). В соответствии с частью 2 ст. 5 Таможенного кодекса территории специальных таможенных зон, расположенных в Украине, считаются находящимися вне пределов таможенной территории Украины, кроме случаев, определенных законами Украины. Для целей налогообложения товары, ввозимые на территории специальных таможенных зон, рассматриваются как находящиеся за пределами таможенной территории Украины (часть 1 ст. 218 Таможенного кодекса).
Следует отметить, что режим специальной таможенной зоны, льготный налоговый и таможенный режимы из действующих законов о конкретных СЭЗ изъяты (Закон Украины «О внесении изменений в Закон Украины «О Государственном бюджете на 2005 год» и некоторые другие законодательные акты Украины» от 25 марта 2005г.), поэтому и указанные режимы там теперь не действуют, хотя законодательство предусматривает их введение (ст. 218 Таможенного кодекса Украины; ст. 1 Закона Украины от 13 октября 1992 г.).
Режим СЭЗ необходимо отличать от других подобных режимов, в первую очередь от режима территорий приоритетного развития (ТПР) (см. комментарий к ст. 415 ХК Украины).
Отличным от режима СЭЗ является также режим приграничной (прибрежной) торговли. Он допускает в соответствии с мировой практикой преимущества, предоставляемые смежным странам (ст. XXIV Генерального соглашения по тарифам и торговле), в частности, льготы по таможенным платежам. Так, Законом «О Едином таможенном тарифе» от 5 февраля 1992 г. предусмотрена возможность установления преференций в виде освобождения от обложения таможенной пошлиной, снижения ее ставок или установления квот на преференциальный ввоз товаров, которые обращаются в приграничной торговле (ст. 22). В этом случае льготы должны иметь взаимный характер, то есть касаться лишь товаров, произведенных или существенно доработанных в приграничных (прибрежных) регионах соответствующих смежных стран. В Украине такие льготы в настоящее время не применяются, хотя приграничная и прибрежная торговля упомянуты в ст. 25 Закона Украины «О внешнеэкономической деятельности» от 16 апреля 1991 г. среди специальных правовых режимов ВЭД и издано Положение об организации органами исполнительной власти приграничной и прибрежной торговли, утвержденное приказом МВЭСторга от 13 сентября 1999 г. № 689.