Но с уходом Бакунина положение дел в Российской Академии не улучшилось. В период своего правления Павел делал многое для того, чтобы направить культурную и научную жизнь страны на службу новому порядку. При этом он пытался уничтожить все, что было связано с именем матери. Павел изменил даже форму жетонов Российской Академии. Здание, где проходили заседания, хранился архив и библиотека, было передано в военное ведомство, а финансирование деятельности Российской Академии прекратилось — она практически не работала.
В 1798 г. должность президента Петербургской Академии наук занял Г. Л. Николаи. На предложение занять одновременно пост президента Российской Академии он ответил отказом, так как плохо владел русским языком. С 1798 г. Академия оказалась без руководителя.
Ученые, стоявшие у истоков создания Российской Академии, проявляли большую заботу о судьбе своего детища. Так, Н. Я. Озерецковский неоднократно обращался к правительству с просьбой выделить здание для работы научного учреждения. Возможно, что и член Российской Академии С. Я. Румовский, став в 1800 г. вице-президентом Академии наук, помогал Озерецковскому в его благородном деле. Благодаря настойчивости ученых 10 июля 1800 г. Российской Академии было передано место с небольшим строением на Васильевском острове, у Тучкова моста, принадлежавшее Московскому подворью. В настоящее время это — территория дома № 52 по 1 линии Васильевского острова, с двором и внутридворовыми постройками.
После дворцового заговора 12 марта 1801 г. к власти пришел Александр I. Проводя в начале царствования умеренно-либеральную политику, он провозгласил, что управлять страной намерен «по законам и по сердцу в бозе почившей… императрицы Екатерины Великой» [61, т. 25, с. 583]. Один указ молодого монарха сменял другой, и каждый из них как бы подчеркивал, что новый царь всю свою деятельность намерен посвятить всемерному уничтожению того, что делалось его отцом.
Уже в мае месяце 1801 г. был назначен новый президент Российской Академии — Андрей Андреевич Нартов. В июне вышел указ: «Определенную в 1783 году на содержание Российской Академии сумму 6250 рублей, коих отпуск в декабре месяце 1796 года остановлен…, производить по-прежнему» [123, ч. 4, с. 32].
Новый президент А. А. Нартов, сын выдающегося русского механика-изобретателя А. К. Нартова, получил хорошее образование. Он обучался в гимназии при Петербургской Академии наук и в кадетском корпусе. Будучи широко образованным человеком, Нартов писал статьи по минералогии, металлургии, сельскому хозяйству, не был лишен и литературных способностей. Он перевел некоторые работы «отца истории» Геродота, комедии Детуша, Гольберга, Лессинга. Один из основателей Вольного экономического общества Нартов в течение 25 лет являлся его бессменным секретарем, а последние 16 лет своей жизни занимал пост президента общества. Словом, Российскую Академию возглавил достойный руководитель.
Уже в августе 1801 г. Академия выносит решение — в связи с тем что в азбучном словаре «гораздо удобнее нежели в словопроизводном приискиваются слова», возобновить работу по изданию «Словаря российского, азбучным порядком расположенного» [там же, с. 35]. Одна из задач, поставленная Академией при разработке нового словаря, — необходимость «исправить вкравшиеся в первое издание словопроизводного словаря ошибки» [там же, с. 39]. Над словарем согласились работать Румовский, Лепехин, Озерецковский, Мальгин, Севергин, Дмитрий и Петр Соколовы, Севастьянов, Захаров. Академия после трехлетнего перерыва возобновила нормальную научную деятельность.
7 апреля 1802 г. состоялось чрезвычайное заседание Российской Академии, на котором было объявлено о кончине непременного секретаря Ивана Ивановича Лепехина. Имя Лепехина, «отличными своими познаниями и сочинениями великую пользу отечеству принесшего», вошло в историю русской культуры как образец преданного служения Родине [там же, ч. 5, с. 13]. После смерти М. В. Ломоносова Лепехину приходилось «прокладывать путь к водворению у нас науки и защищать права ее в борьбе с невежеством, равнодушием и предрассудками» [80, вып. 4 с. 3]. Всесторонняя образованность, бережное отношение к ломоносовским традициям в русской науке и просвещении поставили Лепехина в ряд выдающихся деятелей отечественной культуры XVIII в.
После смерти И. И. Лепехина непременным секретарем был избран П. И. Соколов. Имя его часто упоминалось в протоколах, связанных с разработкой «Словаря Академии Российской». Там Соколов характеризуется как активный собиратель слов.