Особенно болело сердце отца Алексия, когда он проходил мимо обезглавленного, с разрушенной колокольней, храма свв. мчч. Флора и Лавра на Зацепе. Храм был настолько обезличен, что прохожие нередко путали его с планетарием. Этот, достаточно редкий по посвящению храм, в честь святых мучеников Флора и Лавра, был ему особенно дорог, напоминая одноименную церковь в Кашире, где о. Алексий совершил свои первые службы. Храм на Зацепе поистине представлял собой печальное зрелище. Разместившееся в храме вредное гальваническое производство с использованием кислот, продолжало разрушать остатки стенной живописи, в алтаре стояли станки, из–за вибрации которых, на сводах здания храма появились трещины.
Несмотря на жесткую позицию директора фабрики, созданная по инициативе отца Алексия в 1990 году община, добилась возвращения храма верующим. 8 января 1991 года были подписаны документы по передаче храма Русской Православной Церкви. Настоятелем был назначен о. Алексий Зотов. Но фактически, для служб был передан один из «цехов», остальные еще продолжали работать. Поэтому, в первые годы после открытия храма, службы проходили под грохот станков.
Первая служба состоялась на Пасху, 6 апреля 1991 года. Приехавший в тот день Святейший Патриарх Алексий II внимательно осмотрел церковь и территорию, а ровно через 6 лет, посетив вновь храм на Великую Субботу, Предстоятель Русской Православной Церкви радостно сказал: «Всё, вот и этот храм возрожден!» Высокой оценке состояния храма предшествовала многотрудная работа. Металлографическое производство, наконец, было выведено из храма; оно было признано вредным для экологии города из–за превышенной, в десятки раз, предельно допустимой концентрации алюминиевой пыли. Территория вокруг храма была очищена от захламлявших ее алюминиевых отходов производства. Пришлось снимать двухметровый слой земли, отравленной вредными кислотами. Во время земляных работ были обнаружены человеческие останки; на территории храма некогда находилось древнее кладбище. Их бережно собрали и захоронили с северной стороны храма, устроив над могилой деревянный крест. Здесь членами причта регулярно совершаются панихиды.
Постепенно приобреталась церковная утварь, богослужебные предметы, святые иконы, облачения. Сейчас вновь собрана вся церковная ризница, а интерьер храма украшен многими настенными иконами. Установлены, украшенные вызолоченной резьбой иконостасы трех алтарей. Восстановлены барабан и глава купола главного храма. Воссоздана колокольня, с главой. Исторически на колокольне храма размещался 13-тонный колокол, а сейчас самый большой колокол весит 5,3 тонны.
В пристройке храма, перекрытия которой пришлось поднять на полтора метра, устроена великолепно убранная, просторная крестильня. В купели крестильни отроки, юноши и взрослые могут принимать святое Крещение, с полным погружением, в соответствии с церковными канонами.
При храме вот уже несколько лет существует Воскресная школа для детей и подростков, где преподаются такие дисциплины, как Закон Божий, живопись с основами иконописи, церковное пение, сольфеджио. Дети проходят практику на клиросе храма. Для занятий Воскресной школы выделена просторная, светлая комната в домике причта. В рамках школы организован кружок художественной вышивки.
Фасады храма украсились прекрасными мозаичными иконами из натуральной смальты. Храм внутри и снаружи полностью оштукатурен. Ныне, в четверике храма идут работы по восстановлению настенной живописи. Почти полностью заменены все коммуникации.
По молитвам приснопамятного настоятеля, протоиерея Алексия Зотова, при слаженной и добросовестной работе сотрудников, храм святых мучеников Флора и Лавра в Ямской в Коломенской слободе, обрел свое былое благолепие. Еще многое хотел сделать для родного храма отец Алексей, мечтал дополнить интерьеры храма, провести фасадные работы, воссоздать реставрационную ограду, провести дополнительное благоустройство территории. К тому же, растущая Воскресная школа требовала дополнительных площадей.
В 2010 году храм свв. мчч. Флора и Лавра на Зацепе торжественно отмечал 80-летие своего батюшки, Алексея Зотова и 50-летие его пастырского служения.