Неандер пользовался уважением со стороны самого прусского королевского дома. Когда однажды король Фридрих Вильгельм IV принимал представителей корпораций, то в числе депутатов от Берлинского университета был Неандер. Король обошелся с ним особенно милостиво, сказав ему, что он очень рад видеть его. На это Неандер отвечал, что и он считает за счастье видеть своего повелителя, и при этом прибавил: университет поручает себя благоволению короля. Вслед за тем, после милостивого разговора с Неандером, король прислал в подарок университету 20 000 талеров. Неандер посылал свои вновь вышедшие сочинения крон-принцу, впоследствии королю, и его сочинения не оставались непрочитанными. Когда Неандер послал ему свою «Историю апостольского времени», то получил выражение благодарности от него через одного из его адъютантов. «Только король сожалеет, — прибавил адъютант, — что столь любимое им второе послание ап. Павла вы считаете неподлинным». Такого рода королевская апологетика не совсем, однако же, понравилась Неандеру. Он беспокойно задвигался туда и сюда и, не говоря ни слова, щелкнул языком; так он поступал в тех случаях, когда кто-либо скажет нечто неуместное.
После этой характеристики жизни Неандера Якоби говорит о его отношении к важнейшим представителям умственного развития эпохи — к Шлейермахеру, Гегелю, Генгстенбергу. Неандер вначале был жарким почитателем Шлейермахера, но не остался таким навсегда. Когда Неандер точнее и строже оценил взгляды и тенденции этого известного немецкого теолога, то он стал относиться к нему критичнее и холоднее. Оба они были в Берлинском университете, но между ними не было приятельского знакомства; все их отношения не выходили за пределы официальных. Впрочем, Неандер ценил высокий ум Шлейермахера, и потому, когда умер этот теолог, он обратился к студентам с речью, в которой выразил мысль, что умер муж, с которого начинается новая эпоха в евангелической теологии.
На Гегеля и его влияние на теологию Неандер смотрел с неодобрением. Он вел сильную борьбу с гегелевской философией. Он порицал гегелевский пантеизм, который считал религиозное чувство низшей степенью в духовном развитии человечества, который поселял в умах недоверие к религии и стремился лишить веру ее супранатурального и исторического содержания. Неандер одним из первых понял опасность так называемой абсолютной философии. Он ревностно заботился о том, чтобы Берлинский университет не переполнялся профессорами, приверженными к гегелевской философии. При посредстве некоторых влиятельных лиц он довел до сведения самого короля, как опасно было распространение гегелевской философии в университете; он искренно желал, чтобы влияние этой философии здесь было уравновешено влиянием других философских направлений. Но вначале его усилия не имели успеха; только впоследствии произошло изменение в течении дел в том роде, как желал этого Неандер. Когда Шеллинг перешел в Берлинский университет и стал противодействовать господству гегельянства, и притом с успехом, — это доставило истинное удовольствие Неандеру.
Заслуживают внимания те отношения, в какие стал Неандер к известному представителю так называемой ортодоксальной протестантской теологии — Генгстенбергу. Проницательность, обширность эрудиции, какими отличались сочинения Генгстенберга, его религиозная сила, его прекрасное понимание религиозного состояния времени — вот достоинства, которые сделали имя этого ученого популярным среди духовенства, и за которые он был ценим и самим Неандером. Но Неандер находил много недостатков в деятельности Генгстенберга. Этот последний хотел возвратить теологию к тому положению, какое она имела в XVII в., до времени развития рационализма; это стремление Неандер находил и бесполезным, и невозможны. Неандер боялся той догматической униформы, о которой мечтал Генгстенберг, но которую первый считал неблагоприятной для истинных успехов богословской науки. Метод исследования Св. Писания, которому следовал Генгстенберг, Неандер ценил невысоко. Он считал этот метод насильственным, напускным, ненаучным. Манеру Генгстенберга обращаться со Св. Писанием он сравнивал с приемами ловкого и бесцеремонного адвоката. Неандер, например, не мог без изумления читать толкования Генгстенберга о том, что под 153 рыбами, упоминаемыми в 21 главе Евангелия от Иоанна, нужно понимать благочестивых христиан, и что эти символические рыбы предызображены в Ветхом Завете в книге Паралипоменон в лице 153 000 дровосеков и пришельцев (II, 17). А таких искусственных толкований у Генгстенберга очень много. Неандера возмущала та страстная борьба, какую этот ортодоксальный богослов предпринял против некоторых профессоров Галльского университета, не согласных с Генгстенбергом; он отвращался от тех инсинуаций, заискиваний у властей, при посредстве которых Генгстенберг хотел заставить замолчать своих врагов. Вообще, Неандер ясно понял, что Генгстенберг, поставив себе широкие задачи, в сущности служил узким целям партии.