В январе 1973 года он прилетел в Мадрид, чтобы встретиться с палестинским студентом по имени Самир. Он был активистом ФАТХ и доверенным источником «Моссада». Они договорились встретиться утром 26 января в 9:00 у «Кафе Морисон» на улице Хосе Антонио. Поздоровавшись с информатором, Барух Коэн заметил двоих подозрительных мужчин, быстро приближавшихся к ним, пересекая проезжую часть. Его информатор неожиданно бросился бежать, Коэн мгновенно всё понял, но не успел ничего предпринять. Три быстрых выстрела пронзили его грудь, четвертая пуля сразила случайного прохожего. Коэн упал как подкошенный на тротуар. Все три пули, попавшие в него, поразили жизненно важные внутренние органы. Полиция и машины «скорой помощи» прибыли на место покушения в течение нескольких минут, но Баруха спасти не смогли. В мадридской больнице Франциско Франко он умер на операционном столе, не приходя в сознание.
В тот же вечер «Черный сентябрь» взял на себя ответственность за ликвидацию израильского агента «Моссада» Ури Молова (под таким именем Баруха Коэна знал студент Самир). Но во внутреннем кармане пиджака убитого был найден паспорт на имя израильского бизнесмена Моше Ханана Ишая (это было его официальное прикрытие). Поэтому в первых сообщениях испанских СМИ сообщалось, что в центре Мадрида был застрелен израильский бизнесмен. Поскольку между Израилем и Испанией в те годы не существовало официальных дипломатических отношений, израильтяне предпочли сохранить его инкогнито. Только после перевозки тела в Израиль канцелярия главы правительства распространила официальное сообщение о смерти Баруха Коэна.
Все мировые СМИ связали убийство сотрудника израильских спецслужб с местью «Черного сентября» за ликвидацию Ваэля Звайтера, доктора Махмуда эль-Хамшари и Хусейна Абд эль-Хира. Но на самом деле, как я уже упомянул, дата смерти Баруха Коэна стала простым совпадением. Он был давно раскрыт, покушение на него планировалось уже несколько месяцев. «Черный сентябрь» только ждал удобного случая, чтобы выманить его на встречу с двойным агентом. Однако у «Моссада» были веские основания подозревать в причастности к этому убийству не столько «Черный сентябрь», сколько НФОП. Расследование причин провала, проведенное оперативниками «Моссада» по свежим следам, показало, что все нити тянутся к руководителю европейского отделения НФОП Мухаммеду Будиа, последние годы проживавшему в Париже. Его ликвидация была лишь вопросом времени.
1973 год стал настоящим адом для палестинских террористов. Лидеры «Черного сентября» и других палестинских террористических организаций пребывали в постоянном страхе за свою жизнь. Обещание Голды Меир настигнуть террористов в любом месте и в любое время неукоснительно выполнялось израильскими спецслужбами и спецназом. В то время как группа Майка Харари уничтожала палестинских лидеров в Европе, спецназ наносил удары в самое сердце террористических анклавов на территории Ливана.
В конце 1972 года из источников Управления военной разведки АМАН стала поступать тревожная информация, что ФАТХ решил изменить стратегию террористических вылазок, акцентировав внимание на морском направлении. С этой целью палестинскими боевиками были приобретены в большом количестве морские транспортные средства сверхмалого водоизмещения. В ноябре 1972 года на одну из морских учебных баз ФАТХ поступили небольшие моторные лодки и скоростные гидроциклы, благодаря которым боевики рассчитывали прорваться к побережью Израиля и совершить ряд показательных терактов. Большинство самых крупных и густонаселенных городов Израиля выросли прямо на средиземноморском побережье, и это могло серьезным образом дестабилизировать внутреннюю ситуацию в стране, еще не оправившейся от «мюнхенского шока». Если раньше в «группу риска» входили населенные пункты, расположенные главным образом в северных приграничных районах, то теперь палестинские террористы охватывали Израиль с моря, получая возможность наносить удары по Нагарии, Акко, Хайфе, Нетании, Тель-Авиву, Ашкелону и Ашдоду. Ситуация усугублялась тем, что надводные средства таких малых размеров крайне сложно своевременно обнаружить, а это значительно усложняет перехват. На практике это означало, что морская граница страны фактически открыта для террористов. Кроме моторных лодок и гидроциклов, ФАТХ получил большое количество подводных средств и мин самой последней модификации для проведения диверсий в израильских морских портах.
В первых числах февраля 1973 года кабинет безопасности правительства Голды Меир принял принципиальное решение о проведении в районе береговой полосы соседнего Ливана расширенной антитеррористической операции. В список потенциальных целей были включены морские учебные базы ФАТХ, а также объекты других палестинских террористических организаций, являвшиеся базами для нанесения удара по Израилю со стороны моря, на которых под присмотром специально приглашенных иностранных инструкторов проходили подготовку десятки боевых пловцов.