За мгновение до этого молодой мюнхенский полицейский Антон Флигербауэр был убит шальной пулей, выпущенной, по всей видимости, из автомата Иссы. Она попала ему в голову в то время, когда он стоял на первом этаже контрольной башни и из любопытства на секунду выглянул в окно. Он вообще не принимал участия в перестрелке, незадолго до этого прибыв на аэродром в составе полицейского отряда, который должен был усилить группу оцепления.
Один из террористов, Халид Джаувад, убегая, выскочил прямо на снайпера, который лежал на земле и до этой минуты не имел возможности вступить в перестрелку из-за крайне невыгодной позиции. Он сразу сразил террориста выстрелом в голову, тем самым привлек к себе внимание прибывшего полицейского подкрепления, не знавшего позиции снайперов. В суматохе боя его приняли за палестинского террориста и открыли по нему огонь, тяжело его ранив.
Аднан эль-Джаши подбежал ко второму вертолету, в котором на заднем сиденье были связаны Кеат Шор, Йосеф Гутфройнд, Марк Славин, Андре Шпицер и Амицур Шапира. Глядя им в лицо, он с расстояния полутора метров в упор расстрелял в них остаток своего магазина. Каждый из заложников получил по четыре пули, скончавшись мгновенно.
Выжившие террористы, Аднан и Джамаль эль-Джаши, Мохаммед Сафади и главарь боевиков Тони, попытались скрыться. Мохаммед Сафади, раненный в мягкую часть бедра, смог отбежать только несколько метров от вертолетов. Затем он лег у асфальтированной площадки, притворившись мертвым. Двоюродные братья Аднан и Джамаль эль-Джаши были схвачены на поле рядом с оградительной сеткой аэродрома. Тони, несмотря на ранение в ногу, смог уйти дальше других. Он добрался до служебной стоянки и укрылся среди машин. Но полиция пустила по его следу собак. Спустя 40 минут его обнаружили, загнали в угол, закидали шашками со слезоточивым газом и пристрелили.
К 01:30 всё было закончено. До тех пор один из вертолетов продолжал гореть, и никто не пытался его потушить. Пожарные расчеты не решались приблизиться, пока были слышны выстрелы и шум преследования. Они дождались, когда аэродром был полностью зачищен, только после этого выехали на взлетно-посадочную полосу и залили горящий вертолет противопожарной пеной. Под утро выяснилось, что одного израильского заложника можно было спасти. Давид Бергер, сидевший у двери вертолета, получил два несмертельных пулевых ранения в бедро. До того как Исса бросил в вертолет фосфорную гранату, Давид Бергер каким-то образом смог выпасть наружу, и его не коснулся огонь. Патологоанатомическая экспертиза заключила, что он умер не от пулевых ранений, а задохнулся в дыму от пылающего вертолета.
А весь мир, находясь в полном неведении, праздновал победу над палестинскими фидаинами и радовался счастливому спасению израильских заложников. Телевизионные и радио- новостные агентства еще несколько часов передавали сообщения об успешном освобождении заложников. В семьи захваченных израильских спортсменов пришли родственники и друзья с цветами и бутылками шампанского. Весь Израиль, последние 19 часов прикованный к телевизорам и радиоприемникам, радовался счастливому концу. Все уже отбросили дурные мысли и готовились к встрече заложников в израильском международном аэропорту Лод.
Около 03:00 директор «Моссада» Цви Замир позвонил в Иерусалим в дом премьер-министра Израиля Голды Меир. Это был первый звонок со времени его приезда в Мюнхен. Последние часы они вместе с Виктором Коэном безвыездно находились на аэродроме и не знали о радостных сообщениях. «Голда… у меня плохие новости, — тихо произнес директор «Моссада». — Я сейчас вернулся с аэродрома. Все девять погибли… Никто не спасся». Голда Меир вначале не поверила тому, что услышала на другом конце провода. «Но сообщили…» — еле прошептала она. Голда Меир — эта сильная женщина казалась сломленной и раздавленной. «Своими глазами видел, — добавил Цви Замир. — Никто не остался в живых».
В 03:17 новостное агентство Reuters передало краткое уточнение: «Все израильские заложники, захваченные арабскими боевиками, погибли».
В 03:24 американский спортивный тележурналист АВС Джим Маккей, освещавший события ХХ летних Олимпийских игр, неуверенным голосом, аккуратно подбирая слова, выступил с официальным сообщением: «Мы только что получили последние известия… Вы знаете, когда я был ребенком, мой отец говорил: “Наши великие мечты и наши худшие страхи редко сбываются”. Сегодня ночью оправдались наши худшие опасения. Они сказали, что всего было одиннадцать заложников. Двое были убиты в своих комнатах вчерашним утром, девятеро были убиты в аэропорту сегодня ночью. Они все погибли. Всё закончилось… Мне нечего добавить».