Очевидно, что к этому времени отношение Сталина к Хрущеву, опять улучшилось. Когда в середине февраля 1943 года Хрущев прибыл в Москву, Сталин сказал ему: "Мы утвердили вас членом Военного совета Воронежского фронта". Правда, командующим фронта был Ф.И.Голиков, с которым у Н.С.Хрущева были плохие отношения после ссоры в Сталинграде.
По словам Хрущева, Сталин к этому времени разочаровался в способностях Корниеца и, приказав ему лететь в штаб Воронежского фронта, заявил: "Вы будете выполнять функции не только члена Военного совета, но и секретаря ЦК Украины, как и прежде". После взятия Харькова Воронежский фронт и Юго-Западный фронты получили задачу продолжить освобождение Украины. Теперь Хрущев мог совмещать свои обязанности члена Военного совета фронта с ролью политического руководителя этой советской республики.
Однако планы советского военного командования не учитывали того, что немецкие вооруженные силы еще сохраняли способность к активному сопротивлению. 19 февраля, пока Хрущев еще находился в Москве, противник нанес контрудар по наступавшим советским войскам в районе Краснограда. Как отмечал Василевский, "вражеский контрудар и быстрый отход наших войск правого крыла Юго-Западного фронта создали серьезную угрозу левому крылу Воронежского фронта… 4 марта противник начал второй этап контрнаступления, нанеся мощный танковый удар сосредоточенными силами по Воронежскому фронту из района юго-западнее Харькова".
Хрущев приехал в Харьков, зная, что город скоро будет сдан немцам. Он по-хозяйски осмотрел город, замечая в каком состоянии находились заводы и жалея, что видимо на следующий раз, когда наши войска войдут в город, немцы взорвут многое из того, что пока уцелело. Хрущев выступил и на митинге харьковской интеллигенции, среди участников которого были и те, кто оставался в городе при немцах. Видимо Хрущев не случайно решил пообщаться с украинской интеллигенцией. Ведь, когда в 1938 году Сталин предлагал ему занять пост первого секретаря КП(б) Украины, Хрущев отказывался ссылаясь на трудности общения с украинской интеллигенцией. Возможно, что теперь Хрущев старался доказать, что он способен переломить антисоветские настроения среди украинской интеллигенции и стать эффективным руководителем Украины.
16 марта Харьков был сдан. Как вспоминал Хрущев, "штаб фронта отошел в Белгород. Мы рассчитывали удержаться в Белгороде, но у нас были настолько слабые силы, что нам это не удалось. Штаб расположился в каком-то небольшом домике с садиком. Каждую ночь противник бомбил Белгород, включая расположение нашего штаба. Не исключено, что в Белгороде, возможно, были ранее оставлены какие-то немецкие агенты или предатели, которые сообщали вражеской авиации о целях… Однажды, когда мы с Голиковым стояли у карты и разбирались в обстановке, бомба разорвалась во дворе. Абажур развалился, свет погас, стекло посыпалось на карту. Вышли мы, посмотрели на воронку. Видимо, упала небольшая бомба. Если бы большая, то, наверное, не устоял бы наш домик. Мы навели в нем порядок, но в ту же ночь опять подверглись налету".
18 марта был оставлен Белгород. "В эти дни самого острого развития событий на Воронежском фронте, – вспоминал Штеменко, – оказалось невозможным составить объективную картину по докладам Голикова. Ставка командировала туда своих представителей Г.К.Жукова и А.М.Василевского". Опасаясь дальнейшего продвижения противника в направлении Тулы и Москвы, Жуков и Василевский предложили создать новый фронт на этом направлении (он позже был назван Брянским), назначить Голикова командующим этого фронта, а во главе Воронежского фронта поставить Ватутина. 27 марта наступление противника было остановлено.
В эти дни на Хрущева обрушилось личное горе. 11 марта 1943 года его сын Леонид вылетел с аэродрома в Калужской области на боевое задание, но не вернулся. Он пропал без вести. Впоследствии утверждалось, что на самом деле Леонид Хрущев перелетел к немцам и стал с ними сотрудничать. Тогда, якобы, в тыл противника была заброшена группа наших разведчиков, которые сумели выкрасть Леонида Хрущева, а затем его расстреляли. Также утверждалось, что Н.С.Хрущев на коленях просил
И.В.Сталина пощадить его сына, но тот был неумолим. Якобы именно это обстоятельство объясняло ненависть Хрущева к Сталину, которая, наконец, прорвалась в феврале 1956 года на закрытом заседании съезда КПСС.