Наконец, Хрущев мог предположить, что тайные переговоры Игнатова с Брежневым, Подгорным и местными руководителями свидетельствуют не о стремлении сместить его, а об их недовольстве теми переменами, которые Хрущев собирался совершить на ноябрьском пленуме ЦК КПСС. Об этом писал Сергей Хрущев: «Я слышал о планах отца. На Пленуме для начала собирались расширить состав Президиума ЦК. За последние годы выросла молодежь: Шелепин, Андропов, Ильичев, Поляков, Сатюков, Харламов, Аджубей. Очень инициативные товарищи». Но вряд ли разговорчивый Никита Сергеевич посвятил в свой планы лишь своего сына. Скорее всего, Брежнев и другие заговорщики были знакомы с планами Хрущева. Зная об этом, Хрущев мог решить, что эти люди сговариваются лишь с целью помешать расширению членов Президиума ЦК КПСС. Поскольку Хрущев собирался ввести Шелепина в состав Президиума ЦК, он не мог поверить тому, что Шелепин заодно с Брежневым.
Есть сведения о том, что включением в состав Президиума ЦК новых членов Хрущев не собирался ограничиться. Еще на июльском пленуме ЦК КПСС Хрущев сообщил, что на намеченном на ноябрь пленуме ЦК будет предложена новая реорганизация управления сельского хозяйства. Он собирался ликвидировать межрайонные территориальные управления, созданные после мартовского (1962 г.) пленума ЦК. Одновременно он готовил реформы в области науки. Хрущев решительно поставил вопрос: нужна ли стране Академия наук? 18 июля Хрущев направил свою записку «О руководстве сельским хозяйством в связи с переходом на путь интенсификации». Кроме того, Хрущев предложил пересмотреть главные направления и задачи планирования на 1966—1970 годы. 26 сентября на совместном заседании Президиума ЦК и Совета Министров СССР (в нем участвовало 400 человек) Хрущев без согласования с членами Президиума ЦК предложил заменить пятилетние планы семилетними и восьмилетними. Очевидно, что, увидев невыполнение плана семилетки по сельскому хозяйству, Хрущев хотел скрыть этот факт в новых планах развития.
24 июля на заседании Конституционной комиссии Хрущев высказал свои замечания по проекту новой Конституции СССР. Генерал-полковник Н.И. Москвителев, служивший в это время в Киеве, вспоминал, как в середине сентября 1964 года прибывший из Москвы генерал Г.П. Данин «собрал нас, коммунистов» и сказал, что «все мы накануне великого события. Через день-два придет указание, и мы будем называть Никиту Сергеевича нашим вождем». Возможно, что генерал был под впечатлением каких-то разговоров, которые вели наиболее рьяные сторонники Хрущева. Действительно, уже на XXII съезде Хрущева объявили «продолжателем дела Ленина».
Между тем эти очередные преобразования, намеченные Хрущевым, вызвали ропот среди многих руководящих деятелей страны. Историк С. Семанов писал: «Одни стонали от того, что "пошли под хвост" плоды долгой и упорной работы по составлению народнохозяйственных планов и балансов. Других пугали «идеологические» аспекты грядущей государственной реформы. Третьи со страхом ждали обещанной «перетряски» кадров. Эта атмосфера недовольства, тревоги и неуверенности способствовала тому, что ряды «заговорщиков» стали быстро пополняться». Росло недовольство и среди рядовых членов партии. Последней каплей, переполнившей чашу терпения сельской интеллигенции, было решение о ликвидации приусадебных участков у этой категории лиц. И.П. Казанец, работавший на Украине, вспоминал: «Мы тогда в Совете министров Украины за один месяц получили 16 тысяч возмущенных писем». Казанец говорил об этом Хрущеву, но тот настаивал на своей очередной реформе.
Сохранялось недовольство и разделением местных органов партии на городские и сельские. Этим также воспользовались заговорщики. С. Семанов привел свидетельства работника Псковского обкома партии Ю. Королева: «Брежнев в один из сентябрьских дней 1964 года вызвал к себе группу руководящих работников (в том числе и меня) и дал поручение: побывать в нескольких республиках и областях. Мы поняли: надо посмотреть, как реагируют на это решение (раздел партийных организаций на промышленные и сельскохозяйственные) руководители и коммунисты на местах.
Но дал задание Леонид Ильич в какой-то неясной форме, намеками. Видно, сам боялся провала собственной миссии. Поэтому говорил примерно так: «Это правильное мероприятие, верное партийное решение. ЦК одобрил его. Вы только посмотрите повнимательнее, как на местах народ реагирует, довольны люди или нет. Через некоторое время группа докладывала Брежневу итоги своих поездок. Беседа велась очень осторожно, без каких-либо политических оценок и крайних выводов. Леонид Ильич, как мне показалось, был удовлетворен общими результатами. Они, бесспорно, свидетельствовали о неудаче эксперимента и падении авторитета Хрущева в партийных кругах».