Перед переворотом Комонфорт вызвал Хуареса и попытался привлечь его на свою сторону. Хуарес вежливо, но категорически отказался. На следующий день о планах заговорщиков стало известно конгрессу. От кого? Возможно, от Хуареса. Конгресс потребовал объяснений от президента и министров, замешанных в подготовке пронунсиаменто. Комонфорт отказался их дать. Хуарес надеялся мобилизовать Национальную гвардию на защиту конституционного порядка, но заговорщики его опередили.
Комонфорту было легче совершить переворот, чем решить, каким путем ему следует пойти дальше. Мятежники захватили власть в столице, в большинстве же штатов они получили решительный отпор. В Оахаке единомышленники Хуареса твердо удерживали власть в своих руках. Губернаторы десяти самых влиятельных и крупных штатов высказались против переворота. Они образовали Лигу губернаторов-либералов, которая потребовала от Комонфорта ухода в отставку и передачи власти его законному преемнику Хуаресу, клерикалы же настаивали на расправе с Хуаресом.
Комонфорт не решался ни на то, ни на другое. Видя его колебания, реакционеры 11 января 1858 года совершили новый переворот, они объявили о смещении Комонфорта и провозгласили президентом генерала Сулоагу. Комонфорт, опираясь на верные ему части, попытался было оказать сопротивление, но, покинутый левыми и правыми, бежал в Веракрус, предварительно освободив из заключения Хуареса и других демократов. В Веракрусе Комонфорт заявил, что отказывается от поста президента в пользу Хуареса. 7 февраля он покинул Мексику и направился в Соединенные Штаты.
После бегства Комонфорта Хуарес и другие левые либералы — члены разогнанного Сулоагой конгресса — тоже покинули столицу и разными путями направились в город Гуанахуато, расположенный в 300 километрах к северу от Мехико. Здесь их поддержал генерал Парроди, располагавший 8-тысячной армией.
Дои Бенито прибыл в Гуанахуато 18 января. «Сюда явился некий индеец Хуарес, выдающий себя за президента республики», — писал в те дни в письме из Гуанахуато один местный житель. На следующий день Хуарес обратился к стране с воззванием, в котором, ссылаясь на конституцию, объявлял, что вступил в должность президента. Он осудил мятежников за стремление под предлогом защиты церкви и религии разрушить законный порядок, установленный согласно воле большинства мексиканцев. Хуарес призвал народ выступить в защиту конституции 1857 года и прогрессивных законов, принятых учредительным собранием, и строго наказать мятежников.
Несколько дней спустя Хуарес создал правительство с участием виднейших левых либералов. Мельчор Окампо стал военным министром, министром иностранных и внутренних дел. Прието — министром финансов. Генерал Парроди был назначен главнокомандующим войск.
Обычно в Мексике считалось, что тот, кто правил в столице, правил в стране. После очередного переворота проигравшая сторона, по крайней мере на некоторое время, прекращала дальнейшую борьбу. Теперь же, создав свое правительство внутри страны, левые заявляли, что они отказываются подчиниться неписаным правилам игры в пронунсиаменто и будут бороться с оружием в руках против мятежников, засевших в столице, пока правое дело конституционалистов не восторжествует.
Хуарес и члены его правительства, не теряя времени, стали направлять послания и письма своим единомышленникам в других штатах, призывая к активному сопротивлению мятежникам. Телеграфа в их распоряжении не было. Ежедневно Гуанахуато покидали курьеры Хуареса, переодетые в погонщиков мулов или крестьян, с посланиями его единомышленникам в провинциях. «Вооружайтесь, создавайте партизанские отряды, готовьтесь к длительной и беспощадной борьбе, нас ждут суровые времена, но мы победим извечных врагов мексиканского народа — реакционных церковников и продажных генералов-предателей», — писал им законный президент Мексики.
Контрреволюционеры тоже не сидели сложа руки. Они образовали в столице правительство во главе с Сулоагой. США, Англия, Франция и другие державы поспешили признать его. Иностранные державы надеялись добиться от Сулоаги новых концессий и льгот. На сторону Сулоаги перешла значительная часть армии и почти весь генералитет. Ему оказывала финансовую помощь церковь. Сулоага получил в дар от церковников только в 1858 году около 5 миллионов песо. Его политическими советниками являлись архиепископ Мехико де ла Гарса-и-Бальестерос и епископ Мичоакана Мунгия.
Действуя по их наущению, Сулоага отменил законы Хуареса и Лердо, вернул все права и привилегии духовенству, провозгласил себя верноподданным панского престола, за что удостоился личного благословения со стороны Пия IX.