Неудачи не обескураживали сторонников Хуареса. Население, в особенности в сельских местностях, их поддерживало. Постепенно и из среды партизан выдвинулись смелые и талантливые командиры — уже знакомый нам Порфирио Диас, адвокат Леандро Валье, поэт и бывший семинарист Игнасио Сарагоса, журналист Хесус Гонсалес Ортега, вокруг которых образовались сильные партизанские отряды. Несмотря на все свое материальное превосходство, войска консерваторов были не в состоянии с ними справиться.
Неспособность Сулоаги нанести решительное поражение конституционалистам вызвала против него большое недовольство в лагере реакционеров. В начале 1859 года армейская верхушка свергла Сулоагу и провозгласила президентом Мигеля Мирамона, который считался самым талантливым генералом мексиканской армии. Ему тогда исполнилось всего лишь 26 лет. В феврале Мирамон во главе большой армии предпринял наступление на Веракрус. Он обещал захватить главный оплот конституционного правительства. Но по дороге в Веракрус его армия оказалась сильно потрепанной в сражениях с партизанскими отрядами. Подступы к Веракрусу были хорошо укреплены конституционалистами. Мирамон вынужден был начать осаду города, заняв позиции в болотистой местности, где его солдат стали косить болезни.
Конституционалисты, воспользовавшись тем, что основные силы противника застряли у стен Веракруса, собрали в один кулак свои разрозненные партизанские отряды в центре республики и под командованием Сантоса Дегольядо попытались взять штурмом Мехико. Дегольядо удалось вплотную подойти к столице и захватить ее пригород — Такубайю, но здесь он задержался в ожидании восстания либералов в городе. Задержка стоила ему победы. Мирамон, опасаясь падения столицы, снял осаду Веракруса и поспешил обратно в Мехико. Его опередил реакционный генерал Леонардо Маркес, известный своей смелостью и жестокостью, выступивший из Гуадалахары. Не дожидаясь Мирамона, он вступил в бой с Сантосом Дегольядо и разгромил его войска, захватив много пленных и обоз. Остатки армии Дегольядо вместе со своим командующим бежали в горы.
Мирамон, вернувшись в Мехико, приказал расстрелять пленных конституционалистов. Маркес расстрелял не только пленников, но также врачей, студентов-медиков, оказывавших на ратном поле помощь раненым, а также случайных лиц, схваченных реакционерами. За эту зверскую расправу он заслужил прозвище «такубайского тигра». После бойни духовенство отпраздновало победу пением церковных гимнов, Мирамон и Маркес проехали по улицам столицы в открытой карете, приветствуемые церковниками. На Маркесе красовался поднесенный ему городскими дамами шарф с надписью: «Рыцарю добродетели и доблести». Затем Маркес вернулся в Гуадалахару, где дамы из местной аристократии приняли его под триумфальной аркой и увенчали золотой короной. Там он продолжал расстрелы либералов.
Участие церковников в гражданской войне на стороне Мирамона и его сподручных, которых они финансировали и воодушевляли на кровавые расправы со сторонниками либералов, вызывало все большее негодование и возмущение среди населения. В июле 1859 года Хуарес опубликовал манифест к мексиканскому народу, в котором разоблачал преступное поведение духовенства и оповещал о намерении правительства осуществить «социальную реформу». Направляя этот документ Сантасилии в Новый Орлеан, Хуарес писал ему: «С радостью посылаю тебе только что подписанный мною манифест. Как ты увидишь, главным в его содержании является установление полной независимости светской власти от духовной и провозглашение принципа свободы совести. Для меня эти принципы имеют первостепенную важность, они должны быть в первую очередь обеспечены нашей революцией, и, если мы добьемся победы, мы будем испытывать удовлетворение от того, что принесли некоторую пользу нашей родине и человечеству».
«Социальная реформа» мыслилась Хуаресом в первую очередь как отделение церкви от государства и конфискация в пользу государства имущества церкви. Намеченная программа была полностью осуществлена во второй половине 1859 года путем издания так называемых законов о реформе, являвшихся главным завоеванием буржуазной революции, вдохновителем и руководителем которой выступало правительство Хуареса.
Законы о реформе провозглашали безвозмездную национализацию церковного имущества, освобождали население от всяких церковных налогов и поборов, запрещали деятельность на территории Мексики монастырей, монашеских орденов, в том числе миссионерских и любых других церковных корпораций и организаций. Кроме того, правительство Хуареса порывало дипломатические отношения с Ватиканом.
Законы о реформе устанавливали систему светского народного образования. Регистрация браков и других актов гражданскою состояния передавалась в ведение государства. Как обычно, Хуарес первым подал пример к исполнению гражданских обязанностей: когда в Веракрусе родилась его дочь Франсиска, он лично зарегистрировал ее рождение в светском департаменте.