Назначив на пост военного министра и главнокомандующего Сантоса Дегольядо, адвоката-самоучку, сына священника, стойкого левого, пользовавшегося большим влиянием в штате Мичоакан, где он являлся ректором университета, и поручив ему возглавить партизанские действия на севере страны, Хуарес со своим кабинетом покинул Колиму. В тихоокеанском порту Мансанильо 11 апреля беглецы сели на американский пароход «Джон Д. Стефенс», направлявшийся в Панаму. Там они пересекли железной дорогой перешеек и в Колоне, на атлантическом побережье, пересели на другой пароход, который с остановкой в Гаване доставил их в уже знакомый Хуаресу Новый Орлеан. Тут они совершили еще одну пересадку — на пароход «Теннесси», на борту которого 4 мая 1858 года прибыли в Веракрус, где местные власти приветствовали Хуареса 21 орудийным залпом. Наконец законный президент Мексики и его законное правительство обрели себе надежное убежище. Вскоре к ним присоединился Мигель Лердо де Техада, назначенный на пост министра финансов.
Веракрус считался не только морскими воротами Мексики, но и «легкими» любого правительства. Дело в том, что доходы таможни Веракруса составляли чуть ли не половину всех поступлений в государственную казну. Правительство, лишенное этого спасительного «легкого», было осуждено на скоротечную жизнь, и наоборот: тот, кто «дышал» через Веракрус, мог рассчитывать на длительное существование.
Жители Веракруса, тесно связанные с заморской торговлей, не терпели попов и продажных генералов. Здесь Хуарес находился в безопасности и его правительство могло приступить к исполнению своих обязанностей. В первую очередь следовало укрепить оборону города, усилить Национальную гвардию, наладить связь с провинциями, сплотить воедино всех недовольных режимом Сулоаги — местных каудильо, разночинную интеллигенцию, крестьян, ремесленников, буржуазию, использовавшую закон Лердо для приобретения церковного имущества. Нужно было также приложить немало усилий, чтобы заручиться если не признанием, то по крайней мере нейтралитетом иностранных держав, в особенности Англии, через негоциантов которой можно было получить столь необходимое конституционалистам оружие. Главное же, предстояло углубить революцию путем продолжения осуществления политики реформ.
— Раз наш противник навязал нам гражданскую войну, — говорил Хуарес своим министрам, — то пусть это будет две войны в одной: война в защиту конституционного правительства и война в защиту реформ. Если мы ограничимся только свержением Сулоаги, а потом приступим к осуществлению реформ, то наши враги вновь разожгут гражданскую войну. Нам следует лишить их такой возможности. Эта война должна быть революционной войной, а не борьбой двух соперничающих группировок за власть.
В Веракрусе Хуареса волновали не только государственные дела. С ноября прошлого года, после того как он оставил Оахаку, ему ничего не было известно о судьбе его семьи. Что с Маргаритой и детьми, где они, не случилось ли с ними какого-либо несчастья? На этот вопрос никто не мог ответить толком, ибо связь с Оахакой была прервана. Оснований же для беспокойства было более чем достаточно. Хотя левые либералы продолжали удерживать власть в его родном штате, банды сторонников Сулоаги нападали на селения, врывались в города, убивали и грабили мирных жителей, не щадя ни женщин, ни детей. К счастью, в конце мая из Оахаки пришло короткое сообщение от ученика Хуареса — Хусто Бенитеса, извещавшего дона Бенито, что его семья жива и здорова и что донья Маргарита, узнав о прибытии Хуареса в Веракрус, намеревается с детьми выехать туда.
Оахака расположена от Веракруса на расстоянии 400 километров пути. Преодолеть его в условиях бушевавшей в стране гражданской воины донье Маргарите с 8 детьми, старшей из которых, Мануэле, было 14 лет и самому маленькому, Вено, не исполнилось и года, было весьма рискованно. Путешествие предстояло совершить на мулах, обходя города, по глухим проселочным дорогам. Но донья Маргарита успешно справилась со всеми трудностями. Ей было свойственно такое же мужество и выдержка, которыми отличался и ее «обожаемый Хуарес», как она называла своего мужа. В конце июля донья Маргарита с детьми благополучно прибыла в Веракрус. Теперь, когда вся семья Хуареса была в сборе, глава ее мог всецело посвятить себя государственной деятельности.
Остаток 1858 года прошел в стычках и боях с войсками Сулоаги по всей территории республики. Консерваторы удерживали в своих руках крупные города, но для этого им нужно было содержать там крупные гарнизоны.
В сражениях консерваторы, как правило, одерживали победы. Партизанские части конституционалистов, плохо вооруженные и недисциплинированные, не могли выстоять перед натиском хорошо оснащенных оружием и вымуштрованных солдат противника, которыми командовали профессиональные военные. Осольо вскоре умер. Но противник не ощущал недостатка в опытных военачальниках. На его стороне сражались генералы Мирамон, Томас Мехия, Леонардо Маркес и другие.