«Весьма благодарю Ваше Преосвященство за содействие в оказании мне этой денежной помощи. Она освободит меня от многих долгов, в которые пришлось впасть мне, благодаря печатанию сочинения, – писал он епископу Арсению. – Приехав в Уфу после магистерского коллоквиума, я по-прежнему принялся с ревностью за свое богословие. Хотя вообще мне приходится готовиться, и остается пока время для постороннего чтения, но зато присоединились трудности другого рода – нынешний год труднее заинтересовать воспитанников после того, как они в прошлом году уже испытали сладость и горечь моих речей. Шестой класс ленивее сделался, чем он был в прошлом году. Вообще же своим положением доволен и всецело занят своим здешним делом, которого весьма много».
27 августа 1901 года под председательством ректора Московской духовной академии епископа Волоколамского Арсения состоялось заседание Совета академии, посвященное защите диссертации иеромонаха Фаддея «Единство книги пророка Исаии» на соискание степени магистра богословия. Официальными оппонентами выступили экстраординарные профессора академии – по кафедре пастырского богословия и педагогики Александр Павлович Шостьин и по кафедре Священного Писания Ветхого Завета Василий Никанорович Мышцын.
Профессор Шостьин писал о работе иеромонаха Фаддея: «Печать серьезного и добросовестного изучения предмета лежит на всем труде отца Фаддея. Очень внимательно и всесторонне исследована самая книга Исаии, что особенно ценно; почти также тщательно изучена и обширная немецкая литература (не говорим о русской) по избранному вопросу. Язык отличается точностью и ясностью. Даже и в полемических частях он дышит тоном спокойствия и ученого беспристрастия». Совет академии единогласно признал эту работу заслуживающей присвоения ученой степени. 19 октября Святейший Синод утвердил иеромонаха Фаддея в степени магистра богословия.
Иеромонах Фаддей жил в то время, когда наука в глазах людей имела большой успех, за ней мыслилось едва ли не будущее всего человечества, на нее смотрели как на спасительницу и почти мессию. Он отлично понимал, что роль, которую приписывают люди науке, ей не соответствует и превращает ее в идола. Живя в Уфе, где в благоприятной духовной атмосфере с наибольшей полнотой стали раскрываться его способности, а сердце наполняться христианской любовью ко всем, иеромонах Фаддей в одной из проповедей сказал: «Посмотрите, говорят они, какие тайны природы открыла наука, какие победы над природой совершила, как усовершенствовала жизнь, – и это ли не свидетельствует о могуществе человеческого разума? И зачем после этого стеснять его непонятными и невосприемлемыми для него церковными догматами? Посмотрите, как проникла наука в тайны жизни, и не настанет ли скоро время, когда она не только успешно будет бороться с разными неизлечимыми болезнями, но даже с самой смертью? Зачем же говорят, что не может наука дать счастья человечеству, и зачем заставляют человека отказывать в требованиях своей природы, обещая какое-то невероятное блаженство в будущей жизни?
Таковы глаголы современных людей. Мнимым блеском земной мудрости хотят они затмить свет Божественной истины, хранимой в основанной Господом Иисусом Христом Церкви. Но тщетны эти их усилия. Ибо какое постижение тайн природы может дать то, что составляет основу всякого земного счастья – мир совести? Пусть наука исследовала не только то, что находится на земле, но и рассмотрела всё, что находится на высотах неба, пусть от нее не сокрылось то, что находится во внутренностях земли, – но исследовала ли она все сокровенные движения души, из которых слагается жизнь ее? Пусть наука исследовала все тончайшие нити тела и рассмотрела всё, что находится внутри его, – но открыла ли она в душе то, что составляет основу счастья или несчастий жизни? Пусть она почти проникла в самую тайну жизни, но какое уяснение тайны телесной жизни может предотвратить страх смерти? И какие успехи науки могут тогда водворить мир в душе человека, если он не нашел мира совести? Пусть люди науки считают этот мир благом мнимым и мечтательным, но многовековой опыт жизни человечества показал, что без него все поиски счастья напрасны.