– Какие? – спросил отец. – Никаких несогласий не было.
– Да от тебя-то? – сказала мать, зная смиренный и кроткий характер сына.
В дороге молитвенное воспоминание о близких соединилось в душе Ивана с грустью, со скорбным чувством разлуки с теми, которых он искренне и глубоко любил. Он предчувствовал, что эта разлука когда-то должна стать окончательной.
В академии его ждали учебные предметы, но главное – внутренний подвиг духовного совершенствования – молитва, неусыпная работа над своей душой. «Сходил в собор Троицкий, – записал он в дневнике, оказавшись в стенах лавры. – По временам увидишь там студентов, углубленных в молитву, и сожмется сердце за себя, что я пребываю на земле, занимаюсь обедами и делами земными!..»
Учебный процесс в академии предполагал обязательное написание проповедей. Иван писал их подолгу, стараясь быть в изложении мыслей точным, избегать как религиозной канцелярщины, так и пустого красноречия, когда целью становится достижение исключительно внешней красоты слога. При природном стремлении его к правде, проповеди у него выходили искренними, в каждой из них в той или иной степени отражался его личный опыт и собственные переживания. Его проповеди слушались окружающими с интересом, отмечалось, что они несут в себе отпечаток монашеского аскетического духа. Закончив написание проповеди, над которой он проработал двенадцать дней, Иван записал: «Вообразил и возможность… высшего балла… и должен был всячески смирять восставшие в душе мысли о хорошествах проповеди, ибо те же почти мысли, как и в прошлой проповеди, но выраженные как-то будто бы особо, ибо, думалось, каждое почти слово проходило некогда через сердце и почти все оживляющие сердце мысли внесены в проповедь…»
В 1894 году Иван представил курсовую работу на тему: «Круг деятельности и задачи пастырского служения духовенства по каноническим памятникам домонгольского периода». Доцент академии по кафедре церковного права Николай Александрович Заозерский написал в отзыве: «Автор положил значительный труд на изучение первоисточников и почти не имел никаких пособий, основываясь в своем изображении пастырского служения в древней Руси только на этих первоисточниках». Иван тогда был назван в числе четырех лучших студентов курса.
18 января 1895 года Троице-Сергиеву лавру посетил протоиерей Иоанн Кронштадтский. Иван впервые здесь увидел его. По обыкновению, бывшему на таких службах, Иван причащался со многими студентами академии, впоследствии записав об этой встрече с кронштадтским пастырем: «За благодарственною молитвою видеть пришлось выражение лица, которое со смущением только вместил слабый ум… это было лицо ангела! Здесь одно небесное житие и нет ничего земного. Умиленное славословие и благодарение о неизреченном даре, значение которого он так ясно понимал и видел… За обедней о сне речи не было, и от прочего был храним в молитве с отцом Иоанном, которого образ не выходил из ума…» Много позже, на пороге страшных гонений, воздвигнутых на Русскую Православную Церковь в ХХ столетии, он писал об отце Иоанне Кронштадтском, почившем в день празднования памяти священномученика Игнатия Богоносца в 1908 году: он с такой ревностью «стремился жить во Христе в наши печальные дни и как бы нарочно устремился в мир горний в день священномученика Игнатия, являя родство души своей с душой великого святого. <…> Какой исполнен был он заботой о том, чтобы проверять, испытывать, очищать мысли и все движения души своей ежедневно, ежечасно для Христа, о чем свидетельствует дневник его, так и называемый „Моя жизнь во Христе“!»
Протоиерей Иоанн Кронштадтский стал примером для идущего по этому пути подвижника. Незадолго перед принятием священного сана, когда остатки сомнений относительно избираемой им стези еще теснились в душе Ивана, Кронштадтский пастырь, прозревая его исповеднический путь и то, каким подвигом он прославит Христа, сказал ему: «Аще любиши Мя… паси овцы Моя… егда был еси юн, поясался еси сам и ходил еси, аможе хотел еси: егда же состареешися, воздежеши руце твои, и ин тя пояшет и ведет, аможе не хощеши» (Ин. 21). Часто, особенно в трудные, исполненные многими страданиями периоды жизни, он вспоминал эти слова Христовы, сказанные ему святым. И чем сильнее свирепствовала буря гонений, тем чаще они вспоминались, становясь в минуты испытаний утешением Божиим.
В 1896 году Иван окончил Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия. В августе того же года он подал прошение разрешить ему переработать кандидатское сочинение «Единство книги пророка Исаии» на соискание степени магистра богословия и до 15 августа 1897 года был оставлен при академии для последующего замещения одной из преподавательских кафедр, для чего следовало опубликовать текст диссертации, доработав его. Когда срок стал подходить к концу, Иван Васильевич 8 августа попросил продлить ему срок написания диссертации на соискание степени.