Одной из главных жертв кампании против космополитов на историческом факультете Московского университета стал А. И. Неусыхин. Студентам, на поддержку которых рассчитывала партийная организация университета, было предложено присутствовать на собраниях преподавателей, где их учителя были вынуждены публично каяться во всех возможных грехах. А. И. Неусыхин был одним из немногих, кто осмелился отвергнуть обвинения в свой адрес. Среди его учеников также нашлось несколько человек, не согласившихся играть уготованную им роль. На одном из студенческих собраний они решились вступиться за учителя, утверждая, что его метод ни в чем не противоречит марксизму. Ю. Л. Бессмертный был одним из них. Вопреки ожиданиям репрессий не последовало, по крайней мере сразу: вероятно, руководители партийной организации предпочли замять дело во избежание обвинений в том, что они не контролируют своих студентов (впрочем, несколько позднее заступничество за А. И. Неусыхина помешало Ю. Л. Бессмертному поступить в аспирантуру).
Несмотря на это слабое сопротивление, борьба против космополитов ощутимо сказалась как на соотношении сил в академическом мире, так и на социально-психологическом климате в стране в целом. Убеленные сединами мэтры уже давно привыкли признавать во всеуслышание, до какой степени им, при всей их профессиональной компетентности, недостает органичного марксизма красных профессоров. Пройдя через новые унижения, они чувствовали себя совершенно беззащитными перед лицом арривистов новой формации. Почти все они оказались сломлены психологически. Несмотря на разрешение продолжить исследовательскую работу и даже преподавание, им пришлось забыть о свободе творчества, не говоря уже о власти. Это, в частности, объясняет свойственную многим из них в 1950–1970-е гг. склонность к схоластике и догматизму.
Одновременно сложилась группа более молодых историков, которые в ходе борьбы с космополитами в достаточной степени доказали властям готовность к сотрудничеству. Именно эта группа вскоре пришла к руководству советской историографией. Ее главным представителем в медиевистике была Н. А. Сидорова, исследовательница средневековой французской культуры, пытавшаяся объяснять развитие богословия в XII в. влиянием классовой борьбы. Вокруг нее выросло целое поколение медиевистов, в совершенстве овладевших суконным языком казенного марксизма. Речь идет о таких историках, как А. И. Данилов, А. Н. Чистозвонов, З. В. Удальцова, Е. В. Гутнова. Они сохраняли властные позиции в академическом сообществе вплоть до 1980-х гг. Парадоксальным образом власть учеников благословили пережившие чистки старые профессора, которым ученики — уже после смерти Сталина — позаботились воздать часть положенных почестей. Напротив, карьеры тех медиевистов, кто не вошел в доминирующую группу, складывались весьма сложно.
Не допущенный в аспирантуру, Ю. Л. Бессмертный около десяти лет преподавал в средней школе, что в советских условиях оставляло мало шансов на карьеру исследователя. Но ценой напряженной работы, едва не стоившей ему здоровья, он в 1958 г. сумел защитить кандидатскую диссертацию и стать сначала лаборантом, а потом и научным сотрудником Института всеобщей истории АН СССР (где к нему несколько позднее присоединился А. Я. Гуревич, другой ученик А. И. Неусыхина, поддерживавший учителя в годы борьбы с космополитами и, естественно, не вошедший в доминирующую группу медиевистов). В этом институте Ю. Л. Бессмертный проработал до конца жизни. Положение научных сотрудников было престижным, но в известном смысле маргинальным: они не были напрямую связаны с преподаванием и, следовательно, с механизмами воспроизводства профессионального сообщества. Сотруднику академического института можно было разрешить, а можно и не разрешить преподавать в университете и руководить аспирантами. Вплоть до конца 1980-х гг. ни А. Я. Гуревич, ни Ю. Л. Бессмертный не имели возможности преподавать в московских вузах и не допускались к руководству аспирантами. Даже и после 1991 г. им оставался закрытым доступ на исторический факультет Московского университета, где власть по-прежнему принадлежит наследникам доминировавшей в 1960–1980-е гг. группы официальных историков. Лишь на других факультетах МГУ и в ряде реформированных после падения коммунизма столичных вузов (прежде всего в РГГУ) А. Я. Гуревич и Ю. Л. Бессмертный, уже будучи всемирно известными историками, впервые начали преподавать в Москве. До этого А. Я. Гуревич, живя в Москве, был вынужден преподавать в Калинине, а Ю. Л. Бессмертный читал лекции в Новосибирске, Риге, Горьком. Именно в Горьком, где в 1970-е гг. он наездами проработал несколько семестров, у него появились первые ученики.