Вновь обитель расцвела при игумене Афанасии, в самом конце ХVI в., став «второй Лаврою». Бывший там в 1620 г. иерусалимский патриарх Феофан подтвердил обители ставропигию. Изумленной братии он рассказал о небесном огне, который восходит перед праздником Воскресенья Господнего к Его Гробу. Этот проникновенный рассказ, впервые услышанный в Украине, как бы всколыхнул жизнь обители, ставшей примером для других православных монастырей, по утверждению св. Петра Могилы. Это подняло Межигорье на новую ступень, он стал, по народному мнению, Казацким монастырем, где коротали свой век многие израненные и немощные рыцари. Известный просветитель Иов Борецкий подарил монастырю свой дом на Подоле.
12.ІV.1660 г. царь Алексей Михайлович дал жалованную грамоту на местечко Бобровицу и соизволил основать монастырь на том месте, где пролита кровь святого страстотерпца князя Бориса. Однако межигорские иноки, не лишенные практичности, на месте существующей в ХII в. церкви под названием Божницы Летской (расположенной на реке Лет (Альте), успели выстроить только каплицу, предпочитая построить для себя на эти деньги дворец с церковью Свв. Бориса и Глеба в с. Демянчичах. Через полгода последовала подтвердительная грамота монастырю того же царя на дополнительные владения. Алексей Михайлович для киевских обителей ничего не жалел, тем более, это были не его земли, а каких-то поляков.
Московский дворянин Иван Петров Савелов, постигая с юности науки, поступил в Киевский Братский монастырь, потом стал военным. Весной 1655 г. он пришел в Межигорье, где принял постриг под именем Иоакима. Через год его посылают в Москву, где он подает челобитную Алексею Михайловичу, на ней царь кладет резолюцию:
В 1672 г. запорожцы предложили Межигорской обители быть войсковым монастырем, духовенством всего Запорожья, обязываясь всегда быть парафией и ктиторами. За это монастырь согласился быть гошпиталем для казаков.
Вот тут еще одна тайна нашей местности. В далекие времена только каменные сооружения могли сохранить ценности от набегов и частых пожаров. Но если драгоценности не так чувствительны к пожарам, то ценнейшие бумаги гибнут. А это купчие, жалованные грамоты, подтверждения шляхетства, наследственные волеизлияния… А они сохранялись в каменных строениях монастыря, да и лучшего места для богатой добычи запорожцев найти трудно. К тому же многие казаки сдавали свои сбережения в монастырь, надеясь закончить там свой путь простым монахом.