После становления Христианства государственной религией Риской империи (в частности, ее восточной части), религиозные деятели совместно с представителями императорской власти вели непримиримую борьбу с любыми идеями, которые могли составить конкуренцию идеологии этой религии, либо раскритиковать ее положения. Таким образом, древние традиции и устои античной философии и науки стали подвергаться ожесточенному давлению и репрессиям со стороны христианской церкви, выступившей в союзе с государством. Одни за другими стали закрываться философские школы. Сами философы подвергались гонениям, а их книги публично сжигались на кострах. Последняя философская школа неоплатоников в Афинах была закрыта в 529 году.
Жестокие гонения начались и по отношению к тем христианским учениям, которые не соглашались с учением господствующей в империи Православной церкви. Все они были объявлены еретиками. В основном это были несторианцы и монофизиты. Единственным местом в Восточно-Римской (Византийской) империи, где еще продолжала функционировать философская школа, была Эдесса. Даже после победы Христианства традиции этой школы некоторое время поддерживались христианами-несторианцами.
В условиях жесточайших гонений, неоплатоники, перипатетики и представители других философских школ были вынуждены эмигрировать в Иран, где правящая династия Сасанидов создала благоприятные условия для их деятельности. Таким образом, во многих городах Ирана возникли различные научные и философские школы, которые сохранили и развивали традиции древней античной мысли. В V-VI веках были известны такие школы (академии), как Нисибинская и Гундишапурская. Здесь также развивались такие науки, как математика, астрономия, медицина, география. В большинстве случаев хранителями традиций античной философии и науки выступали христиане-несториане. Они стали переводить многие известные им уцелевшие, после погромов в Византии, труды с греческого на сирийский и персидский языки.
После завоевания Ближнего Востока и Ирана мусульманами, философские и научные традиции школ продолжали развиваться. В отличие от деятелей средневекового Христианства, мусульманские правители не подвергали преследованиям философов. Более того, мусульманское общество того времени бурно развивалось и значительно опередило в развитии европейские страны. В этих условиях, интерес к античному мировоззрению стал повышаться. Мусульманские мыслители стали знакомиться с древним философским наследием и применять его положения и методы в своих трудах. Многие положения исламской религии в то время также нуждались в переосмыслении, в рациональных доводах. Дело в том, что после становления Ислама мировой религией, мусульмане стали сталкиваться с новыми проблемами доктринального и правового характера, которые невозможно было решить лишь апелляциями к Корану и хадисам. Необходимы были новые методы решения этих проблем. Необходимо было также классифицировать положения религии, решать вопросы апологетического характера. Все эти проблемы стали решаться, в том числе благодаря знанию основ философии и применению ее методов в мусульманских науках (См. К
алам).Таким образом, мусульмане не только заимствовали традиции и методы античной, иранской, индийской философии, но и значительно развили их. По этой причине философию того периода, которая развивалась в мусульманских странах, стали называть