После трагической смерти халифа Османа большинство мусульман присягнуло Али. Он стал 4-м халифом (34/656-39/661 гг.). Но нестабильная внутриполитическая ситуация в Халифате, вызванная мятежами в различных провинциях и деятельностью хариджитских групп, доставляла ему массу проблем (См. Али ибн Абу Т
алиб).После трагической гибели Али от рук хариджитского террориста Ибн Мулджама в 39/661 году, радикально настроенные сторонники Али призывали его сына Хасана ибн Али возглавить Халифат, и начать военную конфронтацию с правителем Сирии Муавией ибн Абу Суфьяном, который к тому времени оказался единственным реальным кандидатом на власть (См. Омейяды
). Но Хасан понял, что не имеет возможности и сил продолжать противостояние и занял реалистическую позицию. Он отказался от власти в пользу Муавии. Сам Хасан умер вскоре после этих событий. Но сторонники халифата наследников Али, продолжили борьбу против династии Омейядов, которую основал Муавия.Очередной всплеск антиомейяадских настроений начался после трагической гибели Хусайна - второго сына Али Ибн Абу Талиба. После смерти Муавии в Куфе (Ирак) вспыхнуло восстание против его наследника Йазида. Восставшие требовали отстранения Омейядов от власти и передачи власти в Халифате потомкам Али ибн Абу Талиба, наиболее известным из которых был Хусайн. Поэтому они пригласили Хусайна в Куфу для того, чтобы он возглавил восставших. Хусайн выехал к ним, но уже на полпути получил известие о том, что восстание подавлено, а большинство куфийцев перешло на сторону халифского наместника Куфы Убайдуллы ибн Зияда. Тем не менее, он продолжил свой путь туда в сопровождении маленького отряда, насчитывающего несколько десятков человек, включая и женщин, хотя не имел ни малейших шансов на успех.
Убайдулла ибн Зияд же выставил на всех дорогах к Куфе военные отряды. В 58/680 году, с одним из этих отрядов встретился Хусайн в местечке Нинава, на месте которого позднее возник город Кербела. Халифские войска взяли в окружение маленький отряд Хусайна и начали переговоры с ними. Но, вскоре между сторонами произошло столкновение, в результате которого внук пророка Мухаммада был убит и обезглавлен. Погибли еще десятки его родственников, друзей и приближенных. Немалую роль в этих трагических событиях сыграло предательство, которое совершили куфийцы против Хусайна. Вначале они позвали его в город, а затем перешли на сторону халифского наместника.
Смерть Хусайна ибн Али стала началом массовых волнений в Халифате. Мусульмане были возмущены жестокой расправой над потомками пророка Мухаммада. Естественно, что это недовольство сразу стали использоваться сторонниками Алидов в политических целях. Но главной действующей фигурой в антиомейядском восстании стал Абдулла ибн Зубайр - сын знаменитого сподвижника пророка Мухаммада. В ходе противостояния с силами Омейядов в Медине и других регионах Халифата произошли жесточайшие столкновения и погромы, осуществленные омейядскими командирами.
Несмотря на все усилия Абдуллы ибн Зубайра Омейядам удалось сохранить власть. Правда, после этого власть перешла к представителям побочной ветви этой династии Марванитам, которые сменили Суфьянитов. Закрепление власти Омейядов сопровождалось жесточайшими репрессиями против политической оппозиции. Эти репрессии продолжились и после их свержения Аббасидами, которые рассматривали Алидов в качестве своих политических соперников. За этот период шииты подняли несколько восстаний, которые не привели к результатам и были потоплены в крови.
После всех этих процессов, в среде различных шиитских групп начал формироваться культ мучеников, сложились мистические представления о верховной власти в Халифате. У имамитов также было окончательно оформлено учение о сокрытом и ожидаемом имаме (аль-Каим).
Одновременно с процессом постепенного догматического закрепления учения шиитских групп, уже со II/VIII века, они начали распадаться множество сект и течений, каждая из которых действовала против властей своими методами. Поводом для противоречий были недоразумения между шиитами по вопросу о новом лидере-имаме после смерти старого. С протяжением времени это дробление еще более увеличилось
Крупный догматический раскол в имамитском шиизме произошел в середине II/VIII века. После смерти 6-го имама шиитов Джафара ас-Садика большинство приняло новым имамом его младшего сына Мусу аль-Казима. Однако часть из них признала имамом его умершего сына Исмаила, а после него его сына Мухаммада ибн Исмаила. Они стали называться исмаилитами. После смерти Мухаммада, исмаилиты стали объявлять «сокрытыми» имамами (аль-Каим) всех его потомков. Связь «сокрытых» имамов с общиной осуществляли так называемые «уполномоченные», которые получали приказы «сокрытого» имама. Исмаилитам удалось создать в Египте и Северной Африке крупное государство - Фатимидский халифат.