Если первая осада Албазина (1685) была необходимостью, то вторая стала для империи Цин отчаянной импровизацией, обреченной на поражение. Албазин так и не сдался вплоть до подписания Нерчинского договора. Нужно отметить, что действия Халха-Монголии (союзника империи Цин) против России окончились полным поражением: «Осенью 1681 г. небольшие халхаские отряды совершили набеги на окрестности Селенгинска и Удинска, а к январю следующего года к Забайкалью подошли более крупные силы тушету-хана. Встретив решительное сопротивление немногочисленных служилых русских людей и поселенцев, халхасцы, не проявляя особой настойчивости, отошли в свои кочевья».
Особо нужно рассмотреть посольство Головина, отправленное из Москвы для ведения переговоров: исследователи российско-цинских отношений рассматривают его миссию только как дипломатическое посольство. Однако по пути от Москвы до Селенгинска к Головину присоединилось 1906 человек войска, к этому нужно добавить, что «в ту пору на Руси любой дееспособный дворянин был профессиональным военным. Командовать войсками Головин умел…». И он это доказал, разбив четырехтысячный отряд монголов, вооруженный маньчжурским огнестрельным оружием и пушками. А в июне 1688 г. Галдан (джунгарский хан) нанес сокрушительный удар по халха-монголам. Это было окончательное поражение союзников империи Цин, которое привело в смятение монгольских феодалов, некоторые из них приняли российское подданство.
Рассматривая ситуацию перед началом переговоров России и империи Цин, нужно учесть, что фактически войска Галдана вошли в соединение с Россией, у которой, помимо имевшихся уже в Приамурье гарнизонов, в Нерчинске находились регулярные войска под предводительством Головина, а армии империи Цин были остановлены у Абазинской крепости. Были ли шансы у Цинской армии, которая подошла к Нерчинску на 47 судах, с 15 тыс. человек и 50 пушками на победу? Когда при десятикратном превосходстве над ним Хабаров поворачивал вспять армию маньчжуров, когда Степанов при двадцатикратном превосходстве маньчжуров выдерживал осады, а потом и сам наносил поражения, когда гарнизон, меньше своего противника в 30 раз, соглашался только на почетную капитуляцию, как то было в Албазине в 1685 г. У Цинской империи шансов не было, тем более они лишились союзника, а с флангов им угрожал ударить Галдан. О превосходстве маньчжуров над русскими не может идти и речи, миссии Головина ничего не угрожало, тем более физическое уничтожение.
Фактически маньчжурские войска не могли оказывать на Головина никакого давления, потому его действия на переговорах нельзя назвать умелыми: он сделал максимальные уступки маньчжурам, на которые он имел полномочия, данные ему в «Наказе».
Нерчинский договор 1689 г.Но по условиям Нерчинского договора, заключенного после переговоров, 27 августа 1689 г., территория Приамурья отходила к империи Цин, а крепость-герой Албазин должна была быть уничтожена, что нельзя объяснить превосходством сил маньчжур над русскими. Для установления причин территориальных уступок нужно рассмотреть условия Нерчинского договора: статьи 1, 2 и 3 явно отражают интересы цинов, то есть установление границы, приобретение Приамурья и разрушение Албазина, а статьи 4 и 5 соответствуют интересам России, то есть установление постоянных посольских и торговых связей, а статья о перебежчиках закрепляла за Гантимуром его российское подданство.
Таким образом мы наблюдаем компромисс или сделку двух государств: происходит обмен территории, которая теряет экономическое значение для казны Российского государства, на постоянную, сверхприбыльную торговлю с Китаем, которую Петр I берет под контроль государства. Такой компромисс, достигнутый Головиным, был всецело поддержан центральным правительством: «…уступку героического Албазина ему поставили в вину — но и только. Едва Федор Алексеевич прибыл в Москву, как тотчас был возведен в достоинство боярина и наместника Сибирского». Дальнейшая головокружительная карьера Головина лишь подтверждает то, что его действия в Приамурье соответствовали интересам московского правительства.