Тема религии и веры затрагивалась и в других трудах Кларендона, написанных в последние годы жизни. Можно выделить два его сочинения, «О религии и политике, также о поддержке и помощи, которые они должны оказывать друг другу. С обзором власти и юрисдикции папы во владениях других государей» и «Критика доктором Стиллингфлитом книги, озаглавленной „Фанатизм, фанатично приписанный католической церкви“, и возражение и опровержение SC благородной персоной». В первом он рассмотрел историю христианской церкви на Западе и формулировал идею сближения церквей, возглавляемых государями. Он прославлял Реформацию, лишившую пап супрематии. Вину за церковные расколы и религиозные войны он возлагал на папский престол. Эта работа, вероятно, имела политический подтекст, она должна была предостеречь влиятельных людей от перехода в католицизм. Он помнил, что в католическую веру перешла его дочь. До него, вероятно, доходили слухи о симпатиях к католицизму бывшего зятя герцога Йоркского и самого Карла II. История второго сочинения вкратце такова. Во времена Грейт Тью Хайд был в дружеских отношениях с Хью Кресси, ставшим каноником в Виндзоре, но затем не просто перешедшим в католическую веру, но ставшим монахом под именем Сирениуса Кресси (SC). Для Хайда это было шоком. В начале Реставрации Кресси служил духовником королевы Екатерины. С конца 50-хгг. он был вовлечен в теологические споры с молодым ректором из Саттона Эдвардом Стиллинфлитом (ставшим потом видным англиканским епископом). В этих дебатах и появилась упомянутая книга о фанатизме, на которую Кларендон откликнулся анонимно. Он подчеркивал, что англиканская церковь имеет такое же уважение к отцам церкви, как любая другая ветвь христианства. Однако их авторитет не может быть основанием для ответа на все вопросы, и они не всегда говорили одно и то же. Сущностные требования христианства просты, и теологам не следует их запутывать. Все, кроме основополагающих догматов веры, может иметь разное толкование, и формы религии зависят от традиции и даже климата. Одной из главных причин гражданских конфликтов были противоречия между церковной и мирской властью.
Следующим за «Рассуждением о псалмах Давида» по значимости своим произведением Кларендон мог считать «Краткий обзор и исследование опасных и вредных для церкви и государства ошибок в книге мистера Гоббса, названной „Левиафан“». Хайд был давно знаком с ним, еще со времен Грейт Тью и по роялистскому лагерю. Как и Хайд, Гоббс родился в Уилтшире, но был на двадцать лет старше. Его отец был церковным викарием, мать, о которой ничего неизвестно, по его воспоминаниям, родила его досрочно, в ужасе от известия о приближении испанской Великой Армады. Как он писал, в этот момент родилась двойня, он сам и его страх. Возможно, к этим словам стоит прислушаться: некоторые исследователи интерпретировали перипетии его биографии и саму трансформацию его идей как стремление, вызванное страхом, приспособиться ко всем сменявшимся властям. Первой большой работой Гоббса был перевод на английский язык «Истории Пелопонесской войны» древнегреческого историка Фукидида. Затем были написаны эссе, означавшие первые шаги в область, одним из родоначальников которой его считают — в область политической философии. Гоббс зарабатывал на жизнь как воспитатель в знатных семействах, а во время гражданской войны стал учителем математики Чарльза, принца Уэльского. Во время эмиграции в Париже он работал над своим главным сочинением, в котором роялисты ожидали увидеть философское обоснование критики индепендентского режима. Эти ожидания не оправдались: «Левиафан», опубликованный в Лондоне в 1651 году, современники восприняли как защиту новой власти и Кромвеля. На обложке первого издания красовалось изображение выходящего из моря библейского чудовища Левиафана, с мечом в одной руке и посохом в другой. В этом изображении угадывались черты лица Кромвеля. За эту книгу роялисты якобы хотели с ним расправиться, но он вернулся в Англию, получив прощение от государственного совета и разрешение вести частную жизнь. После реставрации он не только не подвергся преследованиям, но получил аудиенцию у Карла II, помнившего своего учителя, и был облагодетельствован пенсией.