Странным показалось потом Иову то, что Борис не известил царя Фёдора об измене Андрея Щелкалова. Да и сам не учинил над ним строго суда. Правда, «великого дьяка» лишили Посольского приказа. Но мотив был выставлен другой. Будто бы причиной тому стало заявление английского купца Джерома Горсея, которого Андрей Щелкалов чуть не разорил. «Важный государственный Щелкан Андрей есть отъявленный негодяй, — писал Джером Горсей в грамоте на имя царя Фёдора, — он тонкая и двуличная лиса, это хитрейший скиф, какой когда-либо жил на свете». Якобы за это и повелел царь лишить приказа Андрея Щелкалова. Но сам-то Щелкалов знал, за что его лишили власти, за что подвергли постригу в монахи и под именем Феодосия сослали в Кирилло-Белоозёрский монастырь. Знал дьяк и то, почему избежал казни. Сохранил ему Борис жизнь как бывшему тайному союзнику.
Тогда одно осталось загадкой для патриарха: почему Андрей Щелкалов начал свои происки так неожиданно? Может, хотел помешать помолвке сына Бориса Годунова Фёдора и царевны Феодосии? Ведь в ту пору, в зиму девяносто третьего года, никто не предвидел близкой кончины царя Фёдора. А смерть царевны Феодосии наступила лишь через несколько недель после сговора с Варкочем. Уж не приложил ли коварный и злой дьяк Андрей Щелкалов рук, чтобы тайно убить царевну, будущую невестку Бориса Годунова? А ведь было же несколько лет назад целование креста на клятву в верности, какую положили меж собой Борис и братья Щелкаловы. Наступил на сию клятву Андрей тяжёлым сапогом да и ужалил царёву доченьку. Много ли ей надо, лишь отнятой от грудей кормилицы, неведомо кому преданной.
Эти ужасные воспоминания с новой силой потрясли Иова, но как уйдёшь от жестокой правды жизни, которая гнала сон. Вспомнил Иов, что дьяк-лазутчик Лука Паули, служивший одновременно правителю и патриарху, был изобличён Варкочем якобы в расколе доброго отношения царя Фёдора к Борису, будто бы Лука виноват в слухах о том, что помолвка, к которой готовились Фёдор и Борис, несёт тайный умысел в ущерб царю Фёдору. Обо всём этом Лука Паули рассказал Иову после возвращения из Вены да отстранения от Посольского приказа Андрея Шелкалова, который и сыграл главную роль в «изобличении» Паули.
Теперь у Иова были основания предполагать, что надежда захватить русский престол в пользу принца Максимилиана живёт в эрцгерцоге Рудольфе до сих пор.
Неожиданно Иов почувствовал прилив энергии, будто мысль о кознях Австрии против России оказалась такой живительной, что он тотчас решил вновь увидеть Бориса. И он позвал дремавшего в соседней с опочивальней комнате дьякона Николая и попросил его проводить в палаты Бориса Годунова. На сей раз они ушли внутренними переходами, разбудили дворецкого и попросили отвести их к Борису Фёдоровичу. Когда же пришли к опочивальне, слуга при ней сказал:
— Батюшка Борис Фёдорович час назад покинул палаты и Москву. Случилось так: лишь только Иов ушёл от Бориса, тот торопливо стал собираться в путь. Он приказал подогнать к тайному ходу крытую тапкану, оделся очень тепло и даже велел положить в тапкану медвежью шкуру и, не попрощавшись с семьёй, покинул палаты, без стражи, с одним лишь слугой, который был и за ездового, укатил из Кремля через Троицкие ворота. В каком направлении Борис Фёдорович уехал, никто в доме сего не знал.
Иов не стал допытывать дворню правителя, но пошёл на половину его жены, чтобы вместе с ней погоревать о бегстве Бориса Фёдоровича. Попечалившись, он вернулся к себе и стал молиться, просить Всевышнего о милости к Борису, дабы не совершилось деяния невозвратного — пострижения скорого в монахи. Иов с печалью думал о том, что Борис, как истинный православный христианин, казнит себя за те грехи, которые, может быть, совершил в прежние годы. Мучимый совестью, раскаянием, решил уйти от мира в монашескую обитель, как это всегда делали на Руси совестливые мужи.
Остаток ночи патриарх провёл перед иконостасом в долгом и неистовом молении Всевышнему.
А ранним утром Иов послал дьякона Николая к дьяку Луке Паули, с просьбой к тому, чтобы узнал, где скрылся Борис Годунов.
Лазутчику Паули понадобилось всего два часа, чтобы узнать, где спрятался правитель Борис.