Общественная дифференциация русского еврейства едва только намечалась. Если в еврейской провинции еще господствовали ортодоксально-религиозные настроения, первое наступление на которое делали писатели-гебраисты, то в крупных городских центрах, особенно в столице, все больше охватывало еврейские общественные круги убеждение, что приобщение к русскому языку и русской культуре — есть единственный путь прогресса для еврейских масс в России. Это убеждение накладывало неизгладимую и яркую печать на идеологические воззрения и на практические планы тогдашних петербургских просветителей. В сущности эти воззрения были характерны и для одесских деятелей ОПЕ. Они склонны были идти на существенные концессии в отношении древнееврейского языка, но «жаргон» вызывал решительное отталкивание в этих кругах. Среди просветителей 60 — 70-х годов и позже русификация являлась альфой и омегой культурной работы того времени.
Первую брешь в мировоззрении просветителей пробил погром 1871 года в Одессе. Когда же началась полоса погромов 80-х годов, от надежд на реформы, на улучшение правового и экономического положения евреев ничего не осталось: установившаяся длительная политическая реакция парализовала всякую возможность самых скромных усилий в области еврейской самодеятельности. ОПЕ неизбежно разделило общую судьбу еврейских общественных начинаний тех лет. И до того привыкшее ограничивать свою работу главным образом помощью студентам и тому подобными паллиативными начинаниями, ОПЕ замерло на довольно длительный период, как серьезный фактор на ниве еврейского просвещения.
Только с 1893-94 гг. наступает некоторый поворот в работе ОПЕ, заинтересовавшегося проблемами еврейского начального образования. Специально для этой цели была избрана комиссия, возглавляемая новыми деятелями, в частности, Л. М. Брамсоном и Г. С. Вольтке. Комиссия эта приступает к собиранию и систематизированию материалов о положении еврейского народного образования в России, а заодно — и к изданию справочника по вопросам образования евреев. В задачи комиссии входила также теоретическая разработка проблем, связанных с просвещением. К этому времени членский взнос в Обществе понижается до 3 рублей в год, что вызвало увеличение числа его членов. В 1895 году ОПЕ выдало 517 учащимся субсидии на сумму 27000 рублей.
С середины девяностых годов ОПЕ начало открывать свои собственные школы, требуя, чтобы наряду с русским языком в них шло преподавание еврейских предметов (на иврит). Результаты нового направления Общества продемонстрированы были на Всероссийской Нижегородской выставке 1896 года, на которой Общество имело свой павильон с богатой коллекцией экспонатов, привлекший всеобщее внимание. В начале 1898 г. ОПЕ открыло отделение в Риге и несколько позже отделение в Киеве.
Все больше уделяя внимание нуждам народного образования, ОПЕ к 1898 году выдавало субсидии почти сотне народных еврейских школ (в 1894 г. число субсидируемых школ составляло 37). Тем не менее субсидии студентам на получение высшего образования в 90-х годах все еще стояли на первом месте в бюджете Общества, да и размер сумм, выдававшихся ОПЕ школам, был очень невелик: с 75-93 рублей в год в конце 90-х гг., он только в 1902 г. достиг в среднем 742 рублей.
Начиная с 1900 года в орбиту деятельности ОПЕ включаются мероприятия по подготовке еврейских учителей и вводится институт разъездных уполномоченных, выполняющих функции школьных инструкторов; среди уполномоченных ОПЕ выдвинулись д-р Ландер и П. Марек, а затем X. Фиалков, А. Страшун и И. Д. Кантор.
В конце 1902 года ОПЕ созвало первое всероссийское совещание деятелей по еврейскому народному образованию. В 1901—1904 гг. ОПЕ проводит ряд летних курсов для учителей еврейских школ.