Интерес к деятельности ОПЕ и его популярность в среде еврейской интеллигенции к началу нового века заметно растут. Прилив новых сил обновляет и идеологический климат ОПЕ. Среди актуальных вопросов школьной деятельности ОПЕ особое место начинает занимать мысль о включении идиш в программу школьного образования. Формально этот вопрос впервые был поставлен на обсуждение общего собрания членов ОПЕ в 1903, на котором влиятельная группа петербургской интеллигенции — С. М. Гинзбург, Л. М. Брамсон, Я. Г. Фрумкин, Л. Болотин, Г. Хоронжицкий и другие отстаивали включение идиш. Аргументация этих деятелей звучала убедительно и сводилась к мысли, что пропагандировать необходимость приобщения еврейских масс к русской культуре целесообразна прежде всего на родном языке этих масс, т. е. на идиш, которым еврейские массы пользуются в семье и быту. Идиш наравне с русским языком должен стать проводником просвещения среди евреев в соответствии с заданиями ОПЕ. Такова была позиция этих деятелей, противниками которых выступили сионисты и почитатели языка библии (И. Тувим и др.). И хотя упомянутое знаменательное собрание вследствие разыгравшихся страстей и взаимной перебранки не приняло никаких решений, тем не менее атака идишистов пробила брешь в ассимиляторской до того политике ОПЕ. В последующие годы идишистское направление стало пробивать себе дорогу и в руководство ОПЕ.
В печати (в «Восходе» и других изданиях) обращает на себя особенное внимание отчет общего собрания ОПЕ за январь 1906 г., где опять скрестили копья сторонники и противники включения идиш в программу ОПЕ. Со стороны идишистов выступали С. Л. Цинберг, М. Б. Ратнер, М. Н. Крейнин, Г. Хоронжицкий, а со стороны гебраистов д-р Л. Каценельсон (Буки-бен-Иогли) и др. Температура дебатов была очень высока, и собрание продолжалось в течение ряда вечеров.
В 1906—1907 годах ОПЕ получило возможность на основе нового закона об обществах видоизменить свой устав и расширить свою деятельность. В Гродне ОПЕ открыло в 1907 году учительские курсы, куда устремилась волна идеалистов-учителей, увлеченных мечтой о создании народной школы, соответствующей потребностям и сознанию еврейских масс. Число отделений Общества росло. В ряде провинциальных углов ОПЕ стало постепенно превращаться в один из центров местной еврейской общественности. В 1907 году число членов ОПЕ составляло 3870, а в 1911 году оно поднялось до 5800. К тому времени был уже открыт доступ в общество широким, демократическим элементам интеллигенции, ремесленникам и пр. В 1910 году число школ, которым ОПЕ выдавало субсидии, составляло 98. В том же 1910 году ОПЕ стало издавать педагогический ежемесячник «Вестник», на страницах которого шло оживленное обсуждение основных вопросов школьной жизни и работы. ОПЕ стало систематически созывать в центре совещания с участием местных деятелей по вопросам просвещения. Эти совещания привлекали к себе общественное внимание, и в русско-еврейской, и еврейской печати печатались о них регулярные отчеты и несомненно сыграли крупную роль в деле еврейского просвещения.
Первое совещание деятелей ОПЕ состоялось в марте 1910 года, второе — через год — в апреле 1911 года. Следует отметить, что на этих совещаниях впервые в пользу идиш присоединился к его защитникам (Л. Брамсону, М. Крейнину, М. Ратнеру и другим) голос еврейских социалистических течений (представителей Бунда, — М. И. Гольдмана-Либера, М. Рафеса и сионистов-социалистов — М. Литвакова, С. Нигера, Левитана). На совещании 1911 года радикальные группировки внесли свою программу деятельности ОПЕ, которая вызвала решительные возражения, в частности, со стороны историка С. М. Гинзбурга. Тем не менее это совещание приняло резолюцию, которую следует рассматривать, как укрепление позиций идиш в работе ОПЕ. Текст резолюции был следующий:
«1. во всех народных школах должно быть поставлено изучение библии и древнееврейского языка;
2. в школах, находящихся в тех местностях, где народные массы говорят на идиш, — этот язык должен найти свое место в школах, как язык преподавания и как предмет изучения».
На третьем совещании ОПЕ с представителями мест в декабре 1912 года, центральным вопросом был вопрос об отношении к хедеру, причем особенное значение имело на совещании выступление в защиту традиционного хедера со стороны известного поэта X. Н. Бялика, поддержанное С. М. Дубновым и другими. Резолюция, принятая большинством в пользу хедера, вызвала в печати и в обществе длительную дискуссию.