Абдулла-хан выступил на помощь Бурхан-султану лишь с 300 воинами против 30-тысячного войска противника. Сражение произошло возле крепости Фараб. В «Тарих-и Ракими» указывается, что жители Фараба снарядили в помощь Абдулла-хану 300 пехотинцев[103]
. Хафиз-и Таныш не упоминает об этом — видимо, для того, чтобы лишний раз подчеркнуть храбрость Абдулла-хана, предпринявшего сражение с якобы в сто раз превосходящими силами неприятеля. В «Шараф-нама-йи шахи» подробно описана битва при Фарабе. Абдулла-хан одержал победу, а Борак-хан, потерпев поражение, вернулся в Самарканд. Бурхан-султан согласно своему обещанию передал ключи Бухары Абдулла-хану, а сам ушел в Каракуль. Однако спустя немного времени он вернулся в Бухару и отвоевал ее. Абдулла-хан снова должен был покинуть Мавераннахр и удалиться в Балх.Очень скоро Абдулла-хан вновь возвращается в Мавераннахр в связи со следующими событиями. Группа эмиров Бурхан-султана отложилась от него и заняла Каракуль, подвластный Бухаре. Они пригласили Абдулла-хана и передали ему эту крепость. Бурхан-султан выпросил помощь у Борак-хана, который повел двухтысячное войско, состоящее из отборных воинов Самарканда, Ура-Тюбе, Ходжента, Сайрама, Ташкента, Ахсикета, Андижана. Абдулла-хан поневоле оставил Каракуль и в третий раз ушел в Балхскую область. В месяце зу-л-ка'да 963/сентябрь 1556 г. умер Борак-хан. Пир-Мухаммад-хан, как самый старший в роде Абу-л-Хайр-хана, с согласия всех султанов Мавераннахра был возведен на ханский престол. Воспользовавшись этими событиями, Абдулла-хан двинулся на Мианкаль, взял Кермине, где правил сын Борак-хана — Дуст-Мухаммад-хан. Последний даже не пытался оказать сопротивление Абдулла-хану и бежал в Самарканд к своему брату Баба-султану, объявившему себя правителем города вместо отца. Сначала Баба-султан назначил своим соправителем Гадай-хана ибн Абд ал-Латиф-хана, однако, убедившись в его враждебных намерениях, он сверг его и стал один управлять городом. Гадай-хан заключил союз с Джаванмард-Али-ханом ибн Абу Са'ид-ханом. Они призвали Абдулла-хана к борьбе с Баба-султаном. Абдулла-хан не замедлил с выступлением. В месяце джумада II 964/апрель 1557 г. он окружил Самарканд и завоевал его. Он назначил Гадай-хана и Джаванмард-Али-хана правителями города. Бурхан-султан, желая оказать помощь Баба-султану, окружил Кермине, но, узнав о поражении Баба-султана, вернулся в Бухару. Это обстоятельство дало повод Абдулла-хану стянуть войска к Бухаре. Борьба за Бухару на этот раз была упорной и длительной. Защитники города проявили в боях исключительную храбрость и стойкость, Абдулла-хану не принесли успеха ни удачно примененные им тактические приемы, ни смелость его воинов. Наконец, Бурхан-султан обратился к Ходже Исламу Джуйбари с просьбой склонить Абдулла-хана к миру. Ходжа Ислам прибыл в стан Абдулла-хана и, по словам Хафиз-и Таныша, уговорил хана заключить мир с Бурхан-султаном. В ту же ночь Бурхан-султан был убит Мирзой Ака, влиятельнейшим эмиром племени кушчи.
Хафиз-и Таныш, написавший свое сочинение по заказу Абдулла-хана, естественно, ничего не говорит о причастности Абдулла-хана и Ходжи Ислама к убийству Бурхан-султана. Зато в «Тарих-и Ракими» и «Мусаххир ал-билад» Мухаммад-Йара катагана прямо указывается на то, что Бурхан-султан был убит Абдулла-ханом. О враждебном отношении Ходжи Ислама к Бурхан-султану сообщается в «Матлаб ат-талибин». Здесь же говорится о том, что Ходжа Ислам при встречах с Мирзой Ака обвинял последнего в нерешительности, когда разговор шел о Бурхан-султане. Это заставляет предполагать, что Ходжа Ислам и Абдулла-хан составили заговор с целью убить Бурхан-султана.
После смерти Бурхан-султана Абдулла-хан прочно утвердил свою власть в Бухаре. Он достиг этого после семи лет упорной борьбы и многих сражений. Главным лицом, мешавшим ему в осуществлении стремлений к власти, был Борак-хан. И только смерть последнего дала возможность Абдулла-хану отвоевать земли, принадлежавшие его отцу, и уверенно вести наступление на Бухару. Большую помощь Абдулла-хану оказал его духовный наставник Ходжа Ислам Джуйбари, который поддерживал хана в его борьбе за власть и, видимо, сыграл роль в убийстве Бурхан-султана.
После взятия Бухары Абдулла-хан около трех лет жил спокойно, не предпринимая каких-либо военных действий.
В 967/1559-60 г. правитель Бадахшана Шах-Сулайман вместе со своим сыном Ибрахим-мирзой с огромным войском напал на Балх, резиденцию Пир-Мухаммад-хана. Последний призвал на помощь Абдулла-хана. Хафиз-и Таныш подробно описывает передвижение Абдулла-хана и его сражение с Шах-Сулайманом. После ожесточенных боев Шах-Сулайман вынужден был обратиться в бегство. Его сын Ибрахим-мирза был пойман в Дарра-и Гез и приведен к Пир-Мухаммад-хану, который заключил его в темницу. Ибрахим-мирза был юношей, одаренным поэтическим даром. Ученые и поэты Балха часто посещали его и проводили время в беседе с ним. Пир-Мухаммад-хан, опасаясь, как бы Ибрахим-мирзе не устроили побег, продержав его в заключении около двух месяцев, организовал его убийство.