Однако организованные грабежи проводились силами трофейных бригад, которые были отправлены за трофеями в замки Центральной Европы. Из замков выносили мебель, картины, скульптуры, рояли, фарфор и другие предметы, которые подлежали транспортировке. Были среди них и книги. Конфискацией книг занимались особые библиотечные отряды трофейных бригад, которые посещали сотни библиотек Германии и Польши, а также книгохранилища ЭРР и РСХА, основанные при эвакуации награбленных нацистами книг на восток. Расхищением книг, которое было организовано представителями крупных библиотек Советского Союза, руководила Маргарита Рудомино, директор Библиотеки иностранной литературы в Москве.
Весной 1946 года Рудомино в отчете написала, что на складе в польском Мысловице скопилось от четырех до пяти тысяч ящиков книг. Возможно, это была основная часть собрания ЭРР из Ратибора, который находился всего в пятидесяти километрах восточнее. В отчете не говорится, были ли эти книги эвакуированы силами ЭРР на завершающих этапах войны или же весной 1945 года их перенесла на склад Красная армия.
В замке Плесс, где сотрудники ЭРР укрывались от вражеского огня на фронте, отряд солдат 4-го Украинского фронта захватил около десяти вагонов, груженных книгами, журналами и архивными материалами. Внутри оказалось около 150 ооо книг и юо ооо документов. Прославленная библиотека замка Плесс, где хранилось юо ооо томов, также была упакована и перевезена на новое место.
Существенная часть коллекций ЭРР, обнаруженных трофейными бригадами, изначально была украдена в Минске, Смоленске, Киеве и других городах Советского Союза. Однако среди этих книг были и коллекции с Запада, включая собрания эмигрантских библиотек Парижа, которые были переданы Восточной библиотеке. В июле 1945 года Красная армия в рапорте заявила, что Тургеневская библиотека из Пари-жа была обнаружена в Мысловице. Там было «около 1 200 ооо томов на русском и иностранных языках»-
Тургеневскую библиотеку не посчитали трофейной, поскольку она была «русской», а следовательно, считалась советской собственностью.
Судя по всему, в мысловицком книгохранилище книги лежали в беспорядке — тысячи ящиков стояли кое-как, без всякой системы. По свидетельству одного из членов трофейной бригады, часть коллекции растащили солдаты. Порой «люди забирали, что хотели», написала в отчете Рудомино. Именно так и пропали многие старые и очень ценные книги и рукописи.
На некоторых складах коллекции уничтожались солдатами, прежде чем туда успевали добраться трофейные бригады: «Поместье было занято польскими войсками, ящики стояли открытыми. Многие книги лежали во дворе и мокли под дождем. Стражников не было. Многие книги оказались уничтожены, повреждены или сожжены».
Более организованное распределение коллекций началось, когда книги были отправлены на восток. Осенью 1945 года сорок пять вагонов привезли около одного миллиона книг из Мысловице в Минск. Помимо Мысловице трофейные бригады обнаружили и другие книгохранилища в Польше, из которых в Советский Союз было отправлено около трех миллионов книг. Помимо этого в сталинский архив в Москве были отправлены многие тысячи архивных материалов, включая документы Международного института социальной истории в Амстердаме и различные документы семейства Ротшильдов.
Трофейные бригады также конфисковали многие лучшие немецкие коллекции, которые в итоге оказались на советской территории. В их число вошел целый ряд библиотек, включая Прусскую государственную библиотеку, Берлинскую городскую библиотеку, библиотеку Вроцлавского университета и придворную библиотеку кайзера Вильгельма II. Из Берлина, Дрездена и Вроцлава вывезли более сотни вагонов книг. Несколько сотен немецких библиотек было полностью опустошено.
Московская Библиотека имени Ленина стала главным получателем трофейных книг и включила в свои фонды почти два миллиона томов. Самый ценные книги из конфискованных в Германии — средневековые манускрипты, инкунабулы и Библия Гутенберга — отправлялись в Москву на самолетах.
По оценкам, после войны книжные отряды трофейных бригад отправили в Советский Союз от ю до и миллионов книг. Однако в это число входят далеко не все вывезенные книги, поскольку книги забирали также отряды, которые отвечали за расхищение, к примеру, научного оборудования и имели дело с библиотеками и архивами школ, лабораторий, университетов, институтов и других исследовательских организаций. Трофейные бригады, которые крали предметы искусства, забирали с собой и музейные библиотеки. Кроме того, огромное количество книг украли солдаты Красной армии.
Историк Патриция Кеннеди Гримстед пишет, что советские трофейные бригады обычно не делали различия между книгами, которые похищались из немецких библиотек, и книгами, которые похищались уже по второму разу, поскольку ранее различные нацистские организации украли их с оккупированных территорий.