«После этого практически вся реституция остановилась», — объяснил Бушек. Коммунисты не могли закрыть Еврейский музей, поскольку он был очень известен, однако исследования и выставки оказались сведены к абсолютному минимуму. Музей особенное внимание уделял Терезиенштадту. Однако в коммунистической версии это был лагерь военнопленных, а не еврейский лагерь. Коммунисты также предпочли избавиться от части еврейских коллекций, включая ценные свитки Торы, которые продали на Запад. «Эти коллекции ничего для них не значили. Стране нужны были деньги, нужны были доллары, поэтому их решили продать». Еврейская библиотека была преобразована в изолированную организацию, за деятельностью которой внимательно следил правящий режим, регистрировались как посетители, так и выдача книг. «Сюда приходило очень мало людей. Ученые боялись посещать библиотеку», — пояснил Бушек.
Несмотря на плачевную ситуацию, Отто Мунелес, который потерял при холокосте всю свою семью, продолжал работать старшим библиотекарем до самой своей смерти в 1960-х. Он почти двадцать лет пытался навести порядок в еврейской коллекции. Знакомые рассказывали, что он с головой ушел в работу, словно находя утешение в этих разрозненных украденных книгах: «Он, словно призрак, бродил по этим комнатам, полным книг, которые никто не читал и не изучал… И все же доктор Мунелес тешил себя мечтой об огромной библиотеке, которая станет памятником всем евреям, которые когда-то жили здесь и которых больше здесь не было».
После войны, когда чешские власти изучили разграбленные коллекции, хранящиеся в замках СС на территории Чехословакии, немалое количество материалов уже исчезло, включая крупный архив французской разведки, который гестапо спрятало в замке Оберлибих неподалеку от города Ческа-Липа. На самом деле этот склад еще в мае 1945 года обнаружила контрразведка Красной армии — СМЕРШ. Глава советского Народного комиссариата государственной безопасности (НКГБ) Лаврентий Берия тайно отправил архивистов из Москвы конфисковать архив, и летом 1945 года двадцать восемь вагонов с архивными материалами были отправлены в Москву, где они составили основу нового тайного архива — Центрального государственного особого архива (ЦГОА) СССР. Этот особый сталинский архив трофейных документов был полон материалов, конфискованных с различных нацистских складов в Германии и Восточной Европе.
В феврале 1945 года, когда Красная армия вступила в Германию, Иосиф Сталин отдал совершенно секретный приказ, который привел к созданию Особого комитета по военным репарациям. Считается, что Сталин еще в 1943 году подписал с союзниками соглашение, которое запретило расхищение предметов культуры, однако это соглашение было не в почете.
Новый комитет, несмотря на невинность названия, запустил грабительскую операцию, масштабы которой были сравнимы с масштабами нацистских грабежей. Сталин полагал, что Германия должна
Грабежи осуществляли так называемые трофейные бригады, которые не слишком отличались от немецких. В бригады входили советские архивисты, библиотекари, ученые и другие эксперты. Культурные артефакты, такие как предметы искусства, архивные материалы и книги, были лишь малой частью того, что в итоге оказалось украдено. Ответственное за организацию грабежей министерство оценило, что только в 1945 году в Советский Союз было отправлено около 400 ооо вагонов украденных вещей. Среди них была и возвращаемая советская собственность. Список грузов, отправленных в 1945 году из Германии на Украину, подчеркивает разнообразие украденного: п вагонов лабораторного оборудования, 123 транспортных средства, 2,5 тонны научных книг, 75 картин из Дрезденской картинной галереи, 12 тонн тарелок с фарфоровой фабрики August Wellner und Sohne, 46 вагонов с деталями двух разобранных печатных станков и 27 вагонов с оборудованием разобранной фабрики по производству фотобумаги.
Грабежи — в определенной степени официально санкционированные — также производили солдаты, офицеры и генералы Красной армии. Солдаты неоднократно посылали домой посылки с награбленным. Особенно усердствовали высокопоставленные офицеры и генералы. Заместитель верховного главнокомандующего маршал Георгий Жуков набил своими трофеями несколько вагонов. Это сделало героя войны невероятно богатым, что Сталин впоследствии использовал против него, когда решил от него избавиться.